Las enfermedades infecciosas pueden implicar la participación de bacterias, hongos, parásitos o virus; todos estos son microorganismos. Los microorganismos están presentes en todas partes. A pesar de su abrumadora abundancia, relativamente pocas especies de microorganismos entre las miles que existen invaden, se multiplican y producen enfermedades en las personas. Entre aquellos que producen enfermedades en las personas, algunos son sumamente contagiosos (se transmiten fácilmente entre las personas).
Muchos microorganismos viven en la piel y en la boca, las vías respiratorias superiores, el intestino y los genitales (particularmente en la vagina), sin producir enfermedades. El hecho de que un microorganismo viva como acompañante inofensivo de una persona o que invada y cause enfermedades, depende de la naturaleza del microorganismo y del estado de las defensas naturales de la persona.