Los trastornos inmunológicos afectan el sistema inmunológico, un sistema complejo que defiende el cuerpo de invasores extraños y peligrosos. Dichos invasores incluyen microorganismos (habitualmente denominados gérmenes, como bacterias y virus), parásitos, células cancerosos e incluso órganos y tejidos trasplantados. Para defender el cuerpo contra estos invasores, el sistema inmunológico debe poder distinguir entre lo que pertenece al cuerpo (propio) y lo que no le pertenece (ajeno o extraño). Cualquier sustancia que se identifique como ajena estimula una respuesta inmunológica en el cuerpo. Dichas sustancias se denominan antígenos.
Los antígenos pueden encontrarse en las bacterias, virus, otros microorganismos o células cancerosas, o dentro de los mismos. Es posible que los antígenos también existan en forma individual, por ejemplo, como moléculas de los alimentos o el polen. Una respuesta inmunológica normal consiste en reconocer un antígeno extraño potencialmente nocivo, activar y movilizar fuerzas que actúen como defensa contra el mismo, y atacarlo. Si el sistema inmunológico funciona incorrectamente y confunde los antígenos propios con los ajenos, es posible que ataque los tejidos del propio cuerpo, lo que causa un trastorno inmunológico, como la artritis reumatoide, la tiroiditis o el lupus eritematoso sistémico (lupus).
