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Un individu sain vit en harmonie avec la flore microbienne qui le protège de l'invasion par des germes pathogènes, habituellement définis comme des microrganismes qui ont la capacité de déclencher une maladie. La flore microbienne, principalement bactérienne et fongique, comprend la flore résidante normale qui est systématiquement présente et se reforme rapidement en cas de destruction, et la flore transitoire qui peut coloniser un hôte pendant des heures voire des semaines, mais qui ne s'installe pas définitivement. Les microrganismes de la flore normale peuvent parfois déclencher une maladie, en particulier en cas d'altération des défenses de l'hôte.
Les examens biologiques permettent d'identifier les microrganismes de façon directe (p. ex., examen macroscopique, microscopique, mises en culture) ou indirectement (p. ex., par recherche d'anticorps spécifiques d'un microrganisme). Les principaux types de tests comprennent les suivants
Les parasites de l'homme sont des microrganismes qui vivent sur ou dans une personne et tirent leurs nutriments de cette personne (l'hôte). Il existe 3 types de parasites:
Le terme d'arbovirus (arthropod-borne virus) est défini comme tout virus transmis aux humains et/ou à d'autres vertébrés par certains types d'arthropodes hématophages, principalement les insectes (mouches et moustiques) et arachnides (tiques). Arbovirus est un terme descriptif basé sur la transmission par des vecteurs ayant des caractéristiques particulières. Il ne fait pas partie de la classification internationale des virus du Comité international de la taxonomie des virus (c'est-à-dire, que ce n'est pas une espèce, un genre ou une famille), laquelle est basée sur la nature et la structure du génome viral.
Les bactéries sont des microrganismes qui ont un ADN double brin circulaire et (à l'exception des mycoplasmes) des parois cellulaires. La plupart des bactéries sont extracellulaires, mais certaines résident et se répliquent préférentiellement en intracellulaire. Les agents pathogènes intracellulaires obligatoires sont capables de se développer, de se reproduire et de provoquer une maladie uniquement dans les cellules de l'hôte. Des exemples de ces agents pathogènes comprennent les Chlamydiae, Chlamydophila spp et les rickettsies. Les pathogènes intracellulaires facultatifs peuvent vivre et se reproduire à l'intérieur ou à l'extérieur des cellules hôtes. Des exemples de ces agents pathogènes comprennent Salmonella typhi, Brucella spp, Francisella tularensis, Neisseria gonorrhoeae, N. meningitidis, Legionella et Listeria spp, et Mycobacterium tuberculosis.
Trois espèces de Chlamydia sont pathogènes pour l'homme, notamment responsables d'infections sexuellement transmissibles et d'infections respiratoires. Le diagnostic dépend des espèces; une culture, des tests d'amplification des acides nucléiques ou des tests sérologiques peuvent être effectués. Le traitement repose sur la doxycycline chez la femme non enceinte et l'azithromycine chez la femme enceinte.
Le COVID-19 est une maladie respiratoire provoquée par le nouveau coronavirus, le SARS-CoV-2. L'infection peut être asymptomatique ou avoir des symptômes allant de légers symptômes respiratoires supérieurs à l'insuffisance respiratoire aiguë et à la mort. Le COVID-19 peut toucher plusieurs systèmes d'organes (p. ex., cardiaque, rénal, neurologique, coagulation). La prévention repose sur la vaccination et les mesures de prévention des infections (p. ex., masques, lavage des mains, distanciation sociale, isolement des sujets infectés). Le diagnostic repose sur l'antigène ou la PCR (réaction en chaîne par polymérase) des sécrétions respiratoires supérieures ou inférieures. Le traitement repose sur les soins de support, les médicaments antiviraux ou les corticostéroïdes.
L'entérovirus, ainsi que les rhinovirus (voir Rhume banal) et les paréchovirus humains, sont des genre des picornavirus (pico, ou petits virus à ARN). Tous les entérovirus sont antigéniquement hétérogènes et ont une large répartition géographique.
Les amibes libres sont des protozoaires qui vivent de façon indépendante dans le sol ou l'eau et ne nécessitent ni hôte humain ni animal. Elles ne provoquent que rarement une maladie, contrairement à l'amibe parasite de l'intestin Entamoeba histolytica, qui est un agent fréquent d'infection intestinale ( amibiase). Les amibes libres pathogènes appartiennent aux genres Acanthamoeba, Balamuthia, Naegleria et Sappinia.
Les champignons sont des microrganismes eucaryotes qui existent sous forme de levures et/ou de moisissures. Les levures sont constituées de cellules solitaires qui se reproduisent par bourgeonnement. Les moisissures se présentent sous forme de filaments, également connus sous le nom d'hyphes, qui s'étendent par allongement apical. Les champignons dimorphiques se développent sous forme de moisissures dans l'environnement et sous forme de cellules de levure ou de sphérules (cellules ressemblant à des sacs qui sont la forme reproductrice du champignon) in vivo.
Les bacilles Gram négatifs sont responsables de nombreuses pathologies. Certains sont des microrganismes commensaux présents dans la flore intestinale normale. Ces microrganismes commensaux ainsi que d'autres provenant de réservoirs animaux ou environnementaux peuvent devenir pathogènes.
Acinetobacter spp sont des microrganismes Gram-négatifs pouvant causer des infections suppuratives dans tous les organes; ces bactéries sont souvent opportunistes chez les patients hospitalisés.
Les entérocoques sont des microrganismes anaérobies facultatifs à Gram positif. Enterococcus faecalis et E. faecium provoquent toute une gamme d'infections, dont des endocardites, des infections urinaires, des prostatites, des infections intra-abdominales, une cellulite et des infections de plaies, ainsi que des bactériémies concomitantes.
Le charbon (anthrax) est dû à Bacillus anthracis, un bacille gram-positif, qui est un microrganisme anaérobie facultatif encapsulé producteur de toxines. Le charbon (anthrax), une maladie souvent mortelle chez les animaux, est transmis à l'homme par contact avec des animaux infectés ou leurs produits. Chez l'homme, l'infection est habituellement contractée via la peau. Les infections pulmonaires sont moins fréquentes; les infections méningées et gastro-intestinales sont rares. Dans les infections par inhalation et les infections gastro-intestinales, des symptômes locaux non spécifiques sont habituellement suivis en quelques jours d'atteintes généralisées sévères, d'un état de choc et souvent de la mort. Le traitement empirique repose sur les fluoroquinolones ou la doxycycline. Un vaccin est disponible.
Huit types d'herpèsvirus infectent les humains (voir tableau ). Après l'infection initiale, tous les Virus herpétiques (herpes virus) restent latents dans les cellules hôtes spécifiques et peuvent ultérieurement se réactiver. Les syndromes cliniques dus à la primo-infection peuvent être très différents de ceux provoqués par la réactivation de ces virus. Les Virus herpétiques (herpes virus) ne survivent pas longtemps en dehors de l'hôte; ainsi, la transmission nécessite habituellement un contact intime. Chez le sujet présentant une infection latente, le virus peut se réactiver sans causer de symptômes; dans de tels cas, une excrétion asymptomatique se produit et le sujet peut transmettre l'infection.
L'infection par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) est due à 1 de 2 rétrovirus similaires (VIH-1 et VIH-2) qui détruisent les lymphocytes CD4+ et perturbent le fonctionnement de l'immunité à médiation cellulaire, ce qui entraîne une augmentation du risque de certaines infections et de certains cancers. L'infection initiale peut entraîner une maladie fébrile non spécifique. Le risque de manifestations ultérieures, liées au déficit immunitaire, est proportionnel au taux de déplétion lymphocytaire CD4+. Le VIH peut léser directement le cerveau, les gonades, les reins et le cœur, provoquant un déficit cognitif, un hypogonadisme, une insuffisance rénale et une cardiomyopathie. Les manifestations peuvent aller de formes asymptomatiques, au syndrome d'immunodéficience acquise (SIDA), défini par les maladies définissant le SIDA (infections opportunistes sévères ou des cancers) ou une numération des CD4 200/mcL. L'infection par le VIH peut être diagnostiquée au moyen de test des anticorps, des acides nucléiques (ARN du VIH) ou des antigènes (p24). Ces tests de dépistage doivent être systématiquement proposés aux adultes et aux adolescents. Le traitement vise à supprimer la réplication du VIH en utilisant des associations de ≥ 2 médicaments qui inhibent les enzymes du VIH; le traitement peut restaurer la fonction immunitaire chez la plupart des patients si la suppression de la réplication est soutenue.
Les protozoaires sont un terme vague pour désigner certains microrganismes unicellulaires nucléés (eucaryotes) qui n'ont pas de paroi cellulaire et qui ne sont ni des animaux, ni des plantes, ni des champignons. Les protozoaires intestinaux pathogènes les plus importants causes d'infections entériques chez l'homme comprennent
La tuberculose est une infection mycobactérienne chronique et évolutive, souvent avec une période de latence asymptomatique après l'infection initiale. La tuberculose touche le plus souvent les poumons. Les symptômes comprennent une toux productive, de la fièvre, une perte de poids et une sensation de malaise. Le diagnostic repose le plus souvent sur le frottis et la culture des expectorations et, si possible, sur les tests d'amplification des acides nucléiques. Le traitement repose sur une association de médicaments antimicrobiens administrés pendant 4 mois au moins.
L'angiostrongylose est une infection transmise par les larves de vers du genre Angiostrongylus. Selon les espèces infectantes, il en résulte des symptômes abdominaux (Angiostrongylus costaricensis) ou une atteinte neurale avec une méningite à éosinophiles (A. cantonensis). Le diagnostic est suspecté sur l'anamnèse et la présence d'éosinophilie dans le liquide céphalorachidien et/ou dans le sang. Les anthelminthiques sont soit inefficaces, soit délétères.
La mpox est provoquée par le virus de la variole du singe, un orthopoxvirus structurellement apparentée au virus de la variole. Les patients présentent initialement une éruption vésiculaire ou pustuleuse qui peut être douloureuse et souvent de la fièvre, une sensation de malaise et une lymphadénopathie. Le diagnostic repose sur la PCR. Le traitement est généralement symptomatique et potentiellement par des médicaments antiviraux. La prévention comprend la vaccination.
Les infections virales affectent fréquemment le tractus respiratoire supérieur ou inférieur. Bien que les infections respiratoire puissent être classées selon le virus responsable (p. ex., influenza), elles sont généralement classées selon les syndromes cliniques (p. ex., rhume banal, bronchiolite, laryngite striduleuse, pneumonie). Bien que les agents pathogènes spécifiques entraînent des manifestations cliniques caractéristiques (p. ex., les rhinovirus causent habituellement un rhume banal ou le virus respiratoire syncytial [VRS] qui provoque habituellement une bronchiolite), chacun peut causer de nombreux syndromes viraux des voies respiratoires.
Les rickettsioses et les maladies liées (anaplasmose, ehrlichiose, fièvre Q, typhus des broussailles) sont dues à un groupe de coccobacilles nécessairement intracellulaires, Gram négatifs. Tous sauf Coxiella burnetii, ont un arthropode vecteur. La symptomatologie comprend habituellement une fièvre d'apparition brutale accompagnée de céphalées intenses, d'une sensation de malaise, de prostration et, dans la plupart des cas, d'une éruption caractéristique. Le diagnostic est clinique et confirmé par immunofluorescence ou Polymerase Chain Reaction (PCR). Le traitement de première intention est la doxycycline.
Une infection sexuellement transmissible correspond à une infection par un agent pathogène transmis par le sang, le sperme, les sécrétions vaginales ou d'autres liquides corporels pendant les rapports sexuels oraux, anaux ou génitaux avec un partenaire infecté. Les maladies sexuellement transmissibles (MST) correspondent à un état pathologique reconnaissable qui s'est développé à partir d'une infection sexuellement transmissible ( 1). Les infections sexuellement transmissible peuvent être causées par un certain nombre de microrganismes qui varient considérablement en taille, cycle de vie, sensibilité aux traitements disponibles et aux maladies et symptômes qu'ils provoquent.
Le bejel, la pinta et le pian (tréponématoses endémiques) sont des infections à spirochètes chroniques, tropicales et non vénériennes, transmises par contact corporel. Les symptômes du bejel sont des lésions muqueuses et des lésions cutanées, suivies de gommes osseuses et cutanées. Le pian entraîne des périostites et des lésions dermiques. Les lésions de la pinta sont confinées au derme. Le diagnostic est clinique et épidémiologique. Le traitement repose sur l'azithromycine.
Les trématodes sont des vers parasites plats qui infestent les vaisseaux, l'appareil digestif, les poumons ou le foie. Ils sont souvent classés selon le système principal qu'ils envahissent:
Les virus sont les plus petits des microbes, typiquement allant de 0,02 à 0,3 micromètre, bien que plusieurs virus de très grandes dimensions jusqu'à 1 micromètre de long (megavirus chilensis, pandoravirus) aient été récemment découverts. Les virus dépendent entièrement des cellules (bactériennes, végétales ou animales) pour leur reproduction. Certains virus ont une enveloppe externe composée de protéines et de lipides, entourant un complexe capsidique protéique avec de l'ARN ou de l'ADN génomique et parfois des enzymes nécessaires aux premières étapes de la réplication virale.