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Infections mixtes à germes anaérobies

Par Joseph R. Lentino, MD, PhD, Loyola University Stritch School of Medicine;Hines VA Hospital

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Les anaérobies peuvent infecter l'hôte immunocompétent et ceux qui présentent une diminution de résistance à l'infection ou des tissus lésés. Les symptômes dépendent du site de l'infection. Les anaérobies sont souvent accompagnés de micro-organismes aérobies. Le diagnostic est clinique associé à la coloration de Gram et aux cultures anaérobies. Le traitement repose sur les antibiotiques, le drainage et le débridement chirurgical.

Des centaines d'espèces d'anaérobies non sporulés font partie de la flore normale de la peau et des muqueuses telles que celles de la bouche, du tube digestif et du vagin. Si l'équilibre entre ces germes commensaux est altéré (p. ex., par la chirurgie, un autre traumatisme, des troubles circulatoires ou une nécrose tissulaire) quelques espèces peuvent entraîner des infections sévères avec une importante morbidité et mortalité. Après s'être établis dans un site primitif, les micro-organismes peuvent se propager par voie hématogène sur des sites distants. Les bactéries aérobies et anaérobies étant fréquemment présentes sur le même site infectieux, des procédures particulières d'isolement et de culture sont nécessaires pour connaître les anaérobies. Les anaérobies peuvent être la cause principale des infections dans l’espace pleural et les poumons; ils peuvent induire des maladies intra-abdominales gynécologiques, cutanées, du SNC, des voies respiratoires supérieures, des maladies cutanées; et des bactériémies.

Étiologie

Les principaux cocci Gram positifs anaérobies pathogènes sont les peptocoques et les peptostreptocoques qui font partie de la flore normale de la bouche, de la partie supérieure de l'appareil respiratoire et du côlon. Les principaux bacilles anaérobies Gram négatifs comprennent Bacteroides fragilis, Prevotella melaninogenica, et Fusobacterium sp. Le groupe B. fragilis fait partie de la flore intestinale normale et comprend les pathogènes anaérobies les plus fréquemment isolés dans les infections intra-abdominales et pelviennes. Les micro-organismes du groupe Prevotella et Fusobacterium sp font partie de la flore buccale ou du gros intestin normale.

Physiopathologie

Les infections anaérobies sont habituellement caractérisées par les aspects suivants:

  • Elles se manifestent par une collection localisée de pus ou abcès.

  • La pression partielle en O2 et un faible potentiel d'oxydoréduction prévalent dans les tissus avasculaires et nécrosés sont essentiels pour leur survie.

  • En cas de bactériémie, elle ne conduit pas habituellement à une coagulation intravasculaire disséminée (CIVD) et purpura.

Certaines bactéries anaérobies possèdent des facteurs de virulence particuliers. Les facteurs de virulence de B. fragilis expliquent probablement qu'il soit souvent retrouvé dans des prélèvements, en dépit de sa relative rareté dans la flore normale par rapport à d'autres Bacteroides. Ce micro-organisme a une enveloppe polysaccharidique qui semble favoriser la formation d'abcès. Un modèle expérimental de sepsis intra-abdominal a montré que B. fragilis seul peut déclencher des abcès, alors que d'autres Bacteroides sp ont besoin de l'effet synergique d'un autre micro-organisme. Un autre facteur de virulence, la puissante endotoxine, est impliqué dans le choc septique en cas de pharyngite aiguë due au Fusobacterium.

La morbidité et la mortalité par sepsis à micro-organismes anaérobies ou à flore mixte peuvent aller jusqu'à celui qui est dû à une bactérie aérobie unique. De plus, les infections à bactéries anaérobies sont souvent compliquées de nécrose profonde des tissus. La mortalité globale des sepsis intra-abdominaux graves et des pneumonies à germes anaérobies mixtes est élevée. Les bactériémies à B. fragilis ont une mortalité élevée, en particulier chez les personnes âgées et en cas de cancer.

Symptomatologie

Le patient présente habituellement de la fièvre, des frissons et sepsis sévère; un choc peut survenir. Une CIVD peut survenir en cas de sepsis à Fusobacterium.

Les infections (et les symptômes) spécifiques causés par des micro-organismes anaérobies sont traités ailleurs dans Le Manuel et Troubles souvent provoqués par des*Micro-organismes anaérobies. Les anaérobies sont rares dans les infections urinaires, les arthrites septiques et les endocardites infectieuses.

Troubles souvent provoqués par des*Micro-organismes anaérobies

Cellulite anaérobie

Pneumonie d'inhalation

Infection des glandes de Bartholin

Abcès cérébraux

Otite moyenne chronique

Sinusite chronique

Décubitus ou ulcère ischémique

Abcès dentaires

Endométrite

Empyème épidural et sous-dural

Infections des morsures humaines

Abcès intra-abdominal

Abcès hépatiques

Angine de Ludwig

Abcès du poumon

Ostéomyélite mandibulaire

Gingivite nécrosante

Stomatite ulcéronécrotique (mucosité ulcéronécrotique, cancrum oris, noma)

Abcès tubo-ovariens non gonococciques

Abcès paramétrial

Pelvipéritonite

Parodontite

Péritonite

Thrombophlébite septique

Infection des glandes de Skene

Angine de Vincent

*Avec des aérobies ou d'autres anaérobies.

Diagnostic

  • Suspicion clinique

  • Coloration de Gram et culture

Les indices cliniques de la présence de micro-organismes anaérobies comprennent

  • Les infections adjacentes à une muqueuse colonisée par une flore anaérobie

  • Ischémie, tumeur, plaie pénétrante, corps étranger ou viscère perforé

  • Gangrène s'étendant à la peau, au tissu sous-cutané, au fascia et au muscle

  • Odeur nauséabonde du pus ou des tissus infectés

  • Formation d'abcès

  • Présence de gaz dans les tissus

  • Thrombophlébite septique

  • Absence de réponse aux antibiotiques qui n'ont pas d'activité anaérobie importante

Une infection à anaérobies doit être suspectée en cas de plaie malodorante ou lorsque la coloration de Gram du pus provenant d'un site infecté montre des bactéries mixtes pléomorphes alors que les cultures anaérobies ne montrent aucune croissance. Seuls les prélèvements issus de sites normalement stériles doivent être mis en culture, car des germes commensaux peuvent facilement être pris pour des micro-organismes pathogènes.

Des colorations de Gram et des cultures en aérobiose seront pratiquées sur tous les prélèvements. La coloration de Gram, en particulier dans les infections à Bacteroides et les cultures, pour les anaérobies, peut être faussement négative. L'antibiogramme des anaérobies est difficile et les données peuvent ne pas être disponibles avant 1 semaine après la mise en culture initiale. Cependant, si l'espèce est connue, les profils de sensibilité peuvent généralement être prédits. Aussi, de nombreux laboratoires ne testent pas systématiquement la sensibilité des micro-organismes anaérobies.

Traitement

  • Drainage et débridement

  • Le choix des antibiotiques sera guidé selon le site des infections

Dans les infections établies, le pus est drainé, les corps étrangers et le tissu nécrosé doivent être retirés. Les perforations d'organes doivent être drainées ou suturées. Dès que possible, il faut rétablir la vascularisation. Les thrombophlébites septiques peuvent nécessiter la ligature de la veine ainsi qu'un traitement antibiotique.

Les résultats des cultures anaérobies pouvant ne pas être disponibles avant 3 à 5 j, les antibiotiques sont démarrés. L'antibiothérapie est parfois efficace, bien que certaines espèces bactériennes impliquées dans une infection mixte soient résistantes à l'antibiotique, en particulier si on réalise une mise à plat chirurgicale et un drainage adéquats. Les antibiotiques sont choisis en fonction du site de l'infection et des micro-organismes probables.

Les infections oropharyngées anaérobies peuvent être résistantes à la pénicilline et nécessitent un antibiotique efficace contre les souches d'anaérobies résistantes à la pénicilline (v. plus loin). Les infections oropharyngées et les abcès pulmonaires doivent être traités par la clindamycine ou une association β-lactamine/inhibiteur de β-lactamase telle qu'amoxicilline/acide clavulanique. La clindamycine ou le métronidazole (plus un agent actif contre les aérobies) est utile en cas d'allergie à la pénicilline.

Les infections à anaérobies gastro-intestinales ou pelviennes chez la femme sont susceptibles de contenir des bacilles à Gram négatif anaérobies obligatoires tels que B. fragilis ainsi que des bacilles à Gram négatif anaérobie facultatif tels qu'Escherichia coli; l'antibiothérapie doit être efficace contre eux deux. On observe une résistance des B. fragilis et d'autres bacilles anaérobies obligatoires à Gram négatif à la pénicilline et aux céphalosporines de 3e et 4e génération. Cependant, les médicaments suivants ont une excellente activité in vitro contre B. fragilis et sont efficaces: métronidazole, carbapénèmes (p. ex., imipénème/cilastatine, méropénème, ertapénème), associations β-lactamines/inhibiteurs de β-lactamases (p. ex., pipéracilline/tazobactam, ampicilline/sulbactam, amoxicilline/acide clavulanique, ticarcilline/acide clavulanique), tigécycline et moxifloxacine. Aucun antibiotique utilisé en monothérapie ne s'est montré supérieur. Les médicaments dont l'activité in vitro est un peu moins constante contre B. fragilis comprennent la clindamycine, le céfoxitine et le céfotétan. Tous, à l'exception de la clindamycine et du métronidazole, peuvent être utilisés en monothérapie, parce que ces médicaments ont également une bonne activité contre les bacilles anaérobies facultatifs à Gram négatif.

Le métronidazole est actif contre B. fragilis, résistant à la clindamycine, il a une activité bactéricide exceptionnelle contre les anaérobies et évite habituellement la colite pseudo-membraneuse associée à la clindamycine. Les préoccupations concernant le potentiel mutagène du métronidazole n'ont pas eu de conséquences cliniques.

Puisque de nombreux protocoles actuellement utilisés pour traiter les infections à germes anaérobies digestives ou pelviennes féminines, sont également efficaces contre les bacilles à Gram négatif, l'utilisation d'un aminoside potentiellement néphrotoxique (pour couvrir les bacilles entériques à Gram négatif), en plus d'un antibiotique actif contre B. fragilis, n'est plus justifiée.

Prévention

Avant une chirurgie colorectale programmée, le patient doit subir une préparation intestinale qui consiste en

  • Cathartiques

  • Lavements

  • Antibiotiques

La plupart des chirurgiens donnent à la fois des antibiotiques po et parentérale. En chirurgie d'urgence colorectale, des antibiotiques parentéraux sont utilisés seuls. Des exemples de traitements po sont la néomycine, plus l’érythromycine ou la néomycine plus métronidazole; ces médicaments sont administrés pas plus de 18 à 24 h avant la procédure. Le céfotétan, la céfoxitine ou la céfazoline plus métronidazole sont des exemples de protocoles parentéraux d'antibioprophylaxie préopératoire; ces médicaments sont administrés dans l'heure précédant l'intervention. Les antibiotiques préopératoires par voie parentérale contrôlent la bactériémie, réduisent les complications suppurées secondaires ou métastatiques, préviennent la diffusion locale de l'infection autour du site chirurgical.

En cas d'allergie confirmée ou d'effets indésirables dus aux β-lactamines, l'un des protocoles suivants est recommandé: clindamycine plus gentamicine, aztréonam ou ciprofloxacine; ou métronidazole plus gentamicine ou ciprofloxacine.

Points clés

  • Les infections anaérobies mixtes se produisent lorsque la relation commensale normale au sein de la flore normale des muqueuses (p. ex., la peau, la bouche, le tube digestif, le vagin) est perturbé (p. ex., par la chirurgie, une blessure, une ischémie ou une nécrose des tissus).

  • Les infections tendent à se manifester par des prélèvements localisés de pus ou d'abcès.

  • Baser la suspicion clinique sur le contexte clinique et la présence de gangrène, de pus, d'abcès, de gaz dans les tissus et/ou d'odeur nauséabonde.

  • Drainer et débrider la zone infectée et administrer des antibiotiques sélectionnés en fonction de l'emplacement de l'infection (et des donc micro-organismes probables).

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