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Revue générale des bactéries

Par Hans P. Schlecht, MD, MSc, Department of Medicine, Division of Infectious Diseases & HIV Medicine, Drexel University College of Medicine ; Christopher Bruno, MD, Division of infectious Diseases & HIV Medicine, Drexel University College of Medicine

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Les bactéries sont des micro-organismes qui ont un ADN double brin circulaire et (à l'exception des mycoplasmes) des parois cellulaires. La plupart des bactéries sont extracellulaires. Certaines bactéries (p. ex., Salmonella typhi; Neisseria gonorrhoeae; Legionella, Mycobacterium, Rickettsia, Chlamydia, et Chlamydophila spp) résident et se répliquent préférentiellement en intracellulaire. Certaines bactéries telles que les Chlamydiae, Chlamydophila sp, et les rickettsies sont obligatoirement intracellulaires (c.-à-d., qu'elle ne peuvent croître, se reproduire et induire des maladies que dans les cellules de l'hôte). D'autres (p. ex., Salmonella typhi, Brucellasp, Francisella tularensis, N. gonorrhoeae, N. meningitidis, Legionella et Listeria spp, Mycobacterium tuberculosis) sont des pathogènes intracellulaires facultatifs.

De nombreuses bactéries sont présentes chez l'homme dans la flore normale, souvent en grand nombre et dans de nombreuses zones (p. ex., dans le tractus gastro-intestinal). Seules quelques espèces bactériennes sont pathogènes pour l'homme.

Les bactéries sont classées selon les critères suivants ( Classification des bactéries pathogènes connues).

Morphologie

Les bactéries peuvent être

  • Cylindriques (bacilles)

  • Sphériques (coques)

  • Spiral (spirochètes)

Quelques espèces de cocci, de nombreux bacilles et la plupart des spirochètes sont mobiles.

Coloration

la coloration la plus fréquente pour l’identification générale des bactéries est la coloration de Gram. Les bactéries à Gram positif captent le colorant cristal violet (d'aspect bleu foncé) après fixation à l’iode, décoloration à l’alcool et contre-coloration à la safranine; les bactéries à Gram négatif, qui ne captent pas le cristal violet, apparaissent de couleur rouge. Les bactéries à Gram négatif ont une membrane extérieure supplémentaire contenant des lipopolysaccharides (endotoxine) qui augmentent la virulence de ces bactéries. (Concernant les autres facteurs qui favorisent la pathogénicité bactérienne, Facteurs favorisant l'envahissement microbien.)

La coloration de Ziehl-Neelsen et de Kinyoun (acido-résistante) est utilisée pour détecter les mycobactéries, en particulier M. tuberculosis. Elles peuvent également identifier Nocardia sp et Cryptosporidia spp. La carbolfuchsine est appliquée, suivie d'une décoloration à l'acide chlorhydrique et à l'éthanol et une contre-coloration au bleu de méthylène. Les colorations par fluorochrome (p. ex., auramine-rhodamine) identifient également les micro-organismes acido-résistants, mais un microscope spécial à fluorescence est nécessaire.

Encapsulation

certaines bactéries sont enfermées dans des capsules; pour certaines bactéries encapsulées (p. ex., Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae), la capsule les protège en cas d'ingestion par les phagocytes. L'encapsulation augmente la virulence bactérienne.

Besoins en oxygène

Les bactéries aérobies (aérobies obligatoires) nécessitent de l'O2 pour produire de l'énergie et garantir leur croissance. Elles produisent de l'énergie par respiration cellulaire aérobie.

Les bactéries anaérobies (obligatoires, Revue générale des bactéries anaérobies) ne nécessitent pas d'O2 et ne poussent pas en culture, en présence d'air. Elles produisent de l'énergie par fermentation ou par respiration anaérobie. Les bactéries anaérobies sont fréquentes dans le tractus gastro-intestinal, le vagin, les crevasses dentaires et les plaies en cas d'insuffisance circulatoire.

Les bactéries facultatives peuvent se développer en présence ou non d'O2. Elles produisent de l'énergie par fermentation ou par respiration anaérobie en l'absence d'O2 et par respiration cellulaire aérobie en présence d'O2. Les bactéries microaérophiles préfèrent un taux d'O2 réduit (p. ex., 2 à 10%).

Les Chlamydia sont des parasites intracellulaires obligatoires qui reçoivent leur énergie de la cellule hôte et ne la produisent pas elles-mêmes.

Classification des bactéries pathogènes connues

Type

Bactéries

Aérobie obligatoire

Cocci à Gram négatif

Moraxella catarrhalis, Neisseria gonorrhoeae, N. meningitidis

Bacilles à Gram positif

Corynebacterium jeikeium

Bacilles acido-résistants

Mycobacterium avium complex, M. kansasii, M. leprae, M. tuberculosis, Nocardia sp

Bactéries non fermentaires, non enterobacteriaceae

Acinetobacter calcoaceticus, Elizabethkingia meningoseptica (précédemment Flavobacterium meningosepticum), Pseudomonas aeruginosa, P. alcaligenes, autre Pseudomonas sp, Stenotrophomonas maltophilia

Coccobacilles et bacilles exigeants, Gram négatif

Brucella, Bordetella, Francisella, et Legionella spp

Treponemataceae (bactéries spiralées)

Leptospira sp

Anaérobie obligatoire

Bacilles Gram négatifs

Bacteroides fragilis, ou autres Bacteroides sp, Fusobacterium sp, Prevotella sp

Cocci à Gram négatif

Veillonella sp

Cocci à Gram positif

Peptococcus niger, Peptostreptococcus sp

Bacilles Gram positifs non sporulants

Actinomyces, Bifidobacterium, Eubacterium, et Propionibacterium spp

Bacilles Gram positifs sporulants

Clostridium botulinum, C. perfringens, C. tetani, autres Clostridium sp

Anaérobies facultatifs

Cocci à Gram positif,

Staphylococcus aureus catalases-positifs (coagulases- positifs), S. epidermidis (coagulase négatifs), autres staphylocoques coagulases négatifs

Cocci à Gram positif, catalases-négatifs

Enterococcus faecalis, E. faecium, Streptococcus agalactiae (streptocoque du groupe B), S. bovis, S. pneumoniae, S. pyogenes (streptocoque du groupe A), streptocoques du groupe viridans (S. mutans, S. mitis, S. salivarius, S. sanguis), groupe S. anginosus (S. anginosus, S. milleri, S. constellatus), Gemella morbillorum

Bacilles à Gram positif

Bacillus anthracis, Erysipelothrix rhusiopathiae, Gardnerella vaginalis (Gram variable)

Bacilles Gram négatifs

Enterobacteriaceae (Citrobacter sp, Enterobacter aerogenes, Escherichia coli, Klebsiella sp, Morganella morganii, Proteus sp, Plesiomonas shigelloides, Providencia rettgeri, Salmonella typhi, ainsi que Salmonella sp, Serratia marcescens, Shigella sp, Yersinia enterocolitica, Y. pestis)

Fermentaires, non enterobacteriaceae

Aeromonas hydrophila, Chromobacterium violaceum, Pasteurella multocida

Coccobacilles et bacilles exigeants, Gram négatif

Actinobacillus actinomycetemcomitans, Bartonella bacilliformis, B. henselae, B. quintana, Eikenella corrodens, Haemophilus influenzae, ainsi que Haemophilus sp

Mycoplasmes

Mycoplasma pneumoniae

Treponemataceae (bactéries spiralées)

Borrelia burgdorferi, Treponema pallidum

Microaérophiles

Bacilles incurvés

Campylobacter jejuni, Helicobacter pylori,

Vibrio cholerae, V. vulnificus

Parasite intracellulaire obligatoire

Chlamydiaceae

Chlamydia trachomatis, Chlamydophila pneumoniae, C. psittaci

Coxiellaceae

Coxiella burnetii

Rickettsies

Rickettsia prowazekii, R. rickettsii, R. typhi, R. tsutsugamushi, Ehrlichia chaffeensis, Anaplasma phagocytophilum

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