一部の先天性外胚葉異形成症では，爪が欠損する（無爪症）。先天性爪甲厚硬症では，爪床が肥厚して変色し，横方向に過度に弯曲する（巻き爪）。爪膝蓋骨症候群（ 爪膝蓋骨症候群）では，爪半月が三角形になり，母指の爪が部分的に欠損する。ダリエ病の患者では，爪に赤色および白色の線条と遠位部のV字状の切痕がみられることがある。

プラマー-ビンソン症候群（未治療の重度の鉄欠乏症により生じる食道ウェブ）では，50％の患者で匙状爪（スプーン状に陥凹した爪）がみられる。

黄色爪症候群（過度に弯曲して横方向に肥厚した硬い黄色の爪を特徴とする）は，四肢のリンパ浮腫，胸水，および（通常は）腹水を来した患者に生じる。

Half-and-half nailは腎不全で生じ，爪の近位半分は白く，遠位半分はピンク色であるか色素沈着を認める。

白色爪は肝硬変で生じるが，遠位3分の1にピンク色の色調が残ることもある。

Beau線は爪甲の横溝であり，爪甲の成長が一時的に緩徐になることで生じ，感染症，外傷，または全身性疾患の発症後に生じる可能性がある。爪甲脱落症も同様に，爪甲の一時的な成長停止によって生じるが，こちらは爪の全層が侵され，近位部において爪甲が爪床から分離するという点でBeau線と異なる。手足口病の数カ月後に好発するが，他のウイルス感染症の後にも生じることがある。Beau線または爪甲脱落症が生じた爪は，時間の経過とともに正常な成長を再開する。

乾癬では，爪にいくつかの変化がみられるが，具体的には，不整な点状陥凹，oil spot（限局的に淡黄褐色に変色した領域），爪床からの爪甲の部分的剥離（爪甲剥離症），爪甲の肥厚および崩壊などがある。

爪母の扁平苔癬では，瘢痕が生じ，初期には爪が縦方向に隆起して割れ，後に翼状爪が形成される。

翼状爪は，爪甲の近位部から外方に向かうV字状の瘢痕形成を特徴とし，最終的には爪の喪失に至る。

円形脱毛症では，一定のパターンを示す規則的な点状陥凹を伴うことがある。

乾癬および扁平苔癬に合併する爪変形の治療には，0.1％タクロリムスの外用およびコルチコステロイドの病変内注射が有用となりうる。

癌化学療法薬（特にタキサン系）は黒色爪（爪甲の色素沈着）を引き起こすことがあり，それはびまん性の場合もあれば，横方向に帯状に生じる場合もある。一部の薬剤は爪の色に特徴的な変化を引き起こすことがある：

喫煙は爪および指尖部の黄色または褐色調への変色につながることがある。

爪甲に生じる白い横線（Mees線）は，化学療法，急性ヒ素中毒，悪性腫瘍，心筋梗塞，タリウムおよびアンチモン中毒，ならびにフッ素症で生じるほか，エトレチナート療法中にも生じることがある。これは指の外傷でも生じるが，通常は外傷性の白色線条が爪全体に生じることはない。真菌の一種であるTrichophyton mentagrophytesは，爪甲をチョーク様に白く変色させる。

緑色爪症候群はPseudomonas属細菌の感染により生じる。一般に無害の感染症であり，1指または2指の爪に生じるのが通常で，目立つ青緑色が特徴である。長時間水仕事をする爪甲剥離症または慢性爪囲炎患者に生じることが多い。治療は1％酢酸液または水で4倍に希釈したアルコールへの浸漬が最も効果的である。罹患爪を1日2回，10分間浸漬させるとともに，外傷および過度の湿気を避けさせるべきである。頻繁に爪切りを行うことで，治療に対する反応が向上する。

正中爪変形（median nail dystrophy，median canaliformdystrophy）は，爪甲の小さな亀裂が側方に伸び，常緑樹（例，クリスマスツリーなどのモミの木）の枝のように見えることが特徴である。亀裂および隆起が嗜癖性爪変形（habit-tic nail deformity―爪中央部の異栄養症で，別の指で擦る，つつくなどの動作で生じる爪母の反復的外傷を原因とする）でみられるものに類似する。一部の症例は原因不明であるが，外傷が何らかの役割を果たしていると考えられる。少数の症例では，爪を反復的に打ち付けるデジタル機器を頻繁に使用することが原因として示唆されている。患者が反復的な軽度の外傷につながりうる活動を全てやめれば，就寝時に0.1％タクロリムスを非密封下で外用する治療が有効となる。

爪甲色素線条は，後爪郭および爪上皮から爪甲の遊離端まで縦方向に伸びる色素沈着帯である。皮膚の色が濃い人々では，これらの色素沈着帯は治療を要さない正常な生理的異型である場合もある。その他の原因としては，外傷，妊娠，アジソン病，炎症後色素沈着，特定の薬剤（ドキソルビシン，フルオロウラシル，ジドブジン［AZT］，ソラレン類など）の使用などがある。色素沈着帯は，良性の色素性母斑や悪性黒色腫でも生じることがある。Hutchinson徴候（爪半月および爪上皮を経て後爪郭にまで拡大した色素沈着）は，爪母に生じた黒色腫の徴候である場合がある。迅速な生検および治療が不可欠である。

爪甲鉤弯症は，爪甲が肥厚して弯曲する爪異栄養症の一種であり，母趾に好発する。足に合わない靴の着用により生じる。高齢者に多い。治療は変形した爪を切って形を整えることである。

爪甲剥離症は，爪甲が爪床から分離または完全に脱落する病態である。テトラサイクリン系薬剤（光線性爪甲剥離症），ドキソルビシン，フルオロウラシル，心血管治療薬（特にプラクトロールおよびカプトプリル），クロキサシリンおよびセファロリジン（まれ），トリメトプリム/スルファメトキサゾール合剤，ジフルニサル，エトレチナート，インドメタシン，イソニアジド，グリセオフルビン，またはイソトレチノインによる治療を受けている患者において，薬物反応として生じることがある。部分的な爪甲剥離症は，Candida albicansの感染により爪真菌症の一部として生じる場合や，外傷により生じる場合がある。また乾癬または甲状腺中毒症の患者でも，部分的な爪甲剥離症が生じることがある。

この疾患では，患者が自分の爪をいじって自傷行為を行う結果，横方向に平行する複数の溝および隆起（洗濯板状の変形または嗜癖性爪変形［habit-tic nail deformity］）が生じることがある。1指の爪上皮を押し戻す行為を習慣的に行う患者で最も多くみられ，この行為により爪甲が成長する過程で異栄養症が生じる。爪甲損傷癖では爪下出血も生じることがある。

巻き爪は，爪甲が横方向に過度に弯曲した変形である。乾癬，全身性エリテマトーデス（SLE），川崎病，癌，末期腎臓病，および一部の遺伝性症候群（例，先天性爪囲炎として）の患者に生じることがある。弯曲した爪甲が爪の境界部で指尖部に食い込み，しばしば疼痛を来す。

爪下血腫は，通常は外傷の結果として，血液が爪甲と爪床の間に貯留することで生じる。爪下血腫は拍動性の有意な疼痛と青黒色への変色を引き起こし，小さくない限り，最終的には爪甲の剥離や一時的な脱落を来す。原因が挫滅損傷の場合，爪下の骨折および爪床損傷がよくみられる。爪床の損傷は永続的な爪変形につながることがある。

損傷が急性の場合，爪甲穿孔術（例，焼灼機器，18G針，または赤熱したペーパークリップにより爪甲に穴を開ける）を施行して貯留した血液を排出することで，疼痛の緩和に役立つことがある。抜爪して爪床の損傷を修復する治療により永続的な爪変形のリスクを低減できるかどうかは不明である。

粗造爪（trachyonychia）（表面が粗く混濁した爪）は，円形脱毛症，扁平苔癬，アトピー性皮膚炎，および乾癬とともに生じることがある。小児に好発する。全ての爪に粗造爪が認められる場合，しばしば20-nail dystrophyと呼ばれる。

良性および悪性腫瘍が爪部を侵し，変形を引き起こすことがある。そうした腫瘍としては，良性粘液様嚢胞，化膿性肉芽腫，グロムス腫瘍，ボーエン病，有棘細胞癌，悪性黒色腫などがある。悪性腫瘍が疑われる場合は，迅速に生検を行って外科医に紹介することが強く推奨される。