アレルギー性およびその他の過敏性疾患は，不適切または過剰な免疫応答である。不適切な免疫応答には，内在性の身体成分に対する誤った反応が含まれ，自己免疫疾患を招く（ 自己免疫疾患 ）。アレルギー性疾患およびアトピー性疾患には，外来抗原に対する過剰な免疫応答が含まれる。
移植は，患者自身の組織（自家移植片［autograft］；例，骨，骨髄，および皮膚移植片），遺伝的に同一（同系［一卵性双生児間］）のドナー組織（同系移植片［isograft］），遺伝的に異なるドナー組織（同種移植片［allograftまたはhomograft］），またはまれに異種動物からの移植片（異種移植片［xenograftまたはheterograft］）のいずれかで行う。移植する組織には，細胞（造血幹細胞［HSC］，リンパ球，および膵島細胞の移植の場合），臓器の一部または分節（肝葉もしくは肺葉の移植および皮膚移植の場合），または臓器全体（心臓もしくは腎移植の場合）がある。
免疫系は，自己と非自己を見分けて，有害な可能性がある非自己の分子や細胞を身体から排除する。免疫系には，宿主の組織に由来する異常な細胞を認識して破壊する能力もある（ 腫瘍免疫学 ）。免疫系により認識されうるあらゆる分子が抗原（Ag）と考えられる。
免疫不全疾患では，感染症，自己免疫疾患，リンパ腫，およびその他の癌など，様々な合併症を伴ったり，罹患患者がそのような合併症が生じやすくなったりする。原発性免疫不全症は遺伝性であり，続発性免疫不全症は後天性である。続発性免疫不全症がはるかに多くみられる。
