Las bacterias son microorganismos que tienen DNA circular de doble cadena y, con la excepción de los micoplasmas, paredes celulares. La mayoría de las bacterias viven fuera de las células. Algunas de ellas (p. ej., Salmonella typhi, Neisseria gonorrhoeae, y los géneros Legionella, Mycobacteria, Rickettsia, Chlamydia y Chlamydophila spp) residen y se replican preferentemente en forma intracelular. Algunas bacterias como las clamidias, las especies Chlamydophila y las rickettsias son patógenos intracelulares obligados (es decir, pueden crecer, reproducirse y causar enfermedades sólo dentro de las células del huésped). Otras (p. ej., Salmonella typhi, especies de Brucella, Francisella tularensis, N. gonorrhoeae, Neisseria meningitidis, especies de Legionella y Listeria, Mycobacterium tuberculosis) son patógenos intracelulares facultativos.