La mayoría de los procedimientos quirúrgicos no requieren antibióticos profilácticos o posoperatorios. Sin embargo, ciertos factores relacionados con el paciente y con el procedimiento alteran la relación riesgo/beneficio en favor del uso profiláctico.
Los factores de riesgo relacionados con el paciente que sugieren necesidad de antibióticos incluyen
Inmunosupresión
Los procedimientos con mayor riesgo implican áreas donde es más probable la siembra bacteriana:
Boca
Tubo digestivo
Vías aéreas
Tracto genitourinario
En los denominados procedimientos limpios (que pueden ser estériles), la profilaxis suele ser beneficiosa sólo cuando se colocan material o dispositivos protésicos o cuando la consecuencia de la infección suele ser grave (p. ej., mediastinitis tras una cirugía de derivación de la arteria coronaria).
La elección de antibióticos se basa en las guías del Surgical Care Improvement Project (SCIP) ( ver Manejo perioperatorio Manejo perioperatorio El Surgical Care Improvement Project (Proyecto de mejora de la atención quirúrgica, SCIP) se inició en 2005 a partir del proyecto de Surgical Infection Prevention (Prevención de infecciones... obtenga más información ). Hay fuertes indicios de que la normalización de las opciones de antibióticos y la adhesión a los protocolos SCIP u otro protocolo estandarizado y validado reducen el riesgo de infección quirúrgica. Algunas regiones de los Estados Unidos que siguieron las guías SCIP fueron capaces de disminuir las infecciones del sitio quirúrgico en un 25% desde 2006 hasta 2010. La elección del fármaco se basa en el efecto del fármaco contra las bacterias que con mayor probabilidad pueden contaminar la herida durante el procedimiento específico ( ver Régimen de antibióticos para ciertos procedimientos quirúrgicos Régimen de antibióticos para ciertos procedimientos quirúrgicos 
). El antibiótico se administra dentro de 1 h antes de la incisión quirúrgica (2 h para vancomicina y fluoroquinolonas). Los antibióticos pueden administrarse por vía oral o IV, según el procedimiento. Para la mayoría de las cefalosporinas, se da otra dosis si el procedimiento dura > 4 h. Para los procedimientos de limpieza, no se necesitan dosis adicionales, pero, para otros casos, no está claro si las dosis adicionales son beneficiosas. Los antibióticos se continúan > 24 h luego de la cirugía sólo cuando se detecta una infección activa durante la cirugía, pero en este caso los antibióticos se consideran terapéuticos, no profilácticos.
Los Centers for Disease Control han publicado guidelines para la prevención de infecciones en el sitio quirúrgico que abordan medidas antisépticas tópicas y no farmacológicas (p. ej., baños, selladores, irrigación, profilaxis para dispositivos protésicos).
Más información
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