La fibrosis quística afecta a los pulmones y también a varios otros órganos.

En los pulmones, las secreciones bronquiales espesas obstruyen las vías respiratorias de pequeño calibre, que se infectan e inflaman. A medida que la enfermedad progresa, las paredes bronquiales aumentan de grosor, las vías respiratorias se llenan de secreciones infectadas, algunas zonas del pulmón se contraen y los ganglios linfáticos aumentan de tamaño.

En el hígado, las secreciones espesas bloquean las vías biliares. Pueden desarrollarse cálculos en la vesícula biliar.

En el páncreas, las secreciones espesas pueden bloquear la glándula por completo de modo que las enzimas digestivas no pueden alcanzar el intestino. El páncreas pueden producir menos insulina, por lo que algunas personas desarrollan diabetes (por lo general en la adolescencia o en la edad adulta).

En el intestino delgado, el íleo meconial (un tipo de obstrucción intestinal) puede ser resultado de secreciones espesas y puede requerir cirugía en los recién nacidos.

Los genitales se ven afectados por la fibrosis quística en diversas formas, ocasionando infertilidad en personas de sexo masculino.

El fluido que secretan las glándulas sudoríparas de la piel contiene más sal de lo normal.