Para visualizar las distintas partes del tubo digestivo, se utiliza una sonda flexible llamada endoscopio. La sonda contiene varios canales a lo largo de su longitud. Los diferentes canales se utilizan para iluminar la zona que se está examinando, visualizar la zona a través de la lente de una cámara (con una cámara en la punta de la sonda), bombear líquidos o aire hacia adentro o hacia afuera y pasar instrumentos para biopsias o procedimientos quirúrgicos. Cuando el endoscopio se introduce a través de la boca, se utiliza para examinar el esófago, el estómago y una parte del intestino delgado. Si se introduce a través del ano, el endoscopio puede utilizarse para examinar el recto, el ano, y todo el intestino grueso. Se utilizan diferentes endoscopios para los distintos procedimientos y las sondas tienen diversas longitudes y tamaños.