En las diversas formas de hiperplasia suprarrenal congénita, hay alteración de la producción de cortisol (un glucocorticoide), aldosterona (un mineralocorticoide) o ambos debido a un defecto genético recesivo en una de las enzimas suprarrenales que interviene en la síntesis de hormonas esteroides suprarrenales a partir del colesterol. Puede haber ausencia o deficiencia de la enzima, que altera parcial o completamente la síntesis de cortisol o aldosterona. En las formas en las que hay ausencia o disminución de la síntesis de cortisol, se observa liberación excesiva de ACTH (corticotropina), normalmente inhibida por el cortisol.
Las formas más frecuentes de la hiperplasia suprarrenal congénita son la deficiencia de 21-hidroxilasa y la deficiencia de 11beta-hidroxilasa. En estas formas, se acumulan los precursores proximales al bloqueo enzimático, que son derivados a la síntesis de andrógenos suprarrenales. El consiguiente exceso de secreción de andrógenos causa diversos grados de virilización de los genitales externos femeninos afectados; no hay ningún defecto evidente en los masculinos.
En algunas formas menos frecuentes que afectan a enzimas distintas de 21-hidroxilasa y 11beta-hidroxilasa, el bloqueo enzimático altera la síntesis de andrógenos (dehidroepiandrosterona [DHEA] o androstenodiona). En consecuencia, la virilización masculina es inadecuada, pero no hay un defecto evidente en el género femenino.