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Commentaire : Variants du coronavirus et pandémie de COVID-19

Commentaire
06/29/21 Matthew E. Levison, MD, Drexel University College of Medicine, Drexel University

Lorsqu’un virus se réplique, des erreurs, appelées mutations, se produisent parfois dans la séquence de nucléotides (unités de construction des gènes). Les mutations se produisent par hasard, donc plus le nombre de virus qui se répliquent est élevé, plus la probabilité d’une mutation est élevée. Nombre de ces mutations sont sans conséquence : elles n’aident ni n’entravent le virus ; certaines mutations affaiblissent le virus ; mais très peu de mutations confèrent au virus un avantage de survie, par exemple en améliorant la transmission. Les mutants avec un avantage de survie finissent par devenir la version dominante du virus. Au fil du temps, un virus accumule plusieurs mutations. Un groupe de virus qui partagent le même ensemble hérité de mutations distinctives est appelé variant.

 

Des variants du SARS-CoV-2, le coronavirus à l’origine du COVID-19, ont reçu des noms différents de la part de diverses organisations, mais l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) a récemment résolu ce problème en nommant les variants avec des lettres de l’alphabet grec. Le variant alpha a d’abord été détecté au Royaume-Uni. Le variant bêta a d’abord été détecté en Afrique du Sud. Le variant gamma a d’abord été détecté au Brésil, le variant delta en Inde et le variant epsilon en Californie aux États-Unis (1).

 

Les variants préoccupants (VP) sont les variants qui ont des conséquences sur la santé publique, généralement parce qu’ils présentent une ou plusieurs des propriétés suivantes :

  • Se transmettent davantage
  • Provoquent une maladie plus sévère
  • Ne sont pas aussi facilement neutralisés par les anticorps (y compris les anticorps naturels générés dans l’organisme par une infection ou une vaccination antérieure, et les anticorps monoclonaux créés en laboratoire à utiliser pour le traitement)
  • Ne sont pas aussi faciles à détecter avec des tests diagnostiques, tels qu’un test PCR (réaction en chaîne par polymérase) (2)

Les variants alpha, bêta, gamma, delta et epsilon ont été désignés comme VP aux États-Unis (1).

 

De nombreux VP impliquent une ou plusieurs mutations de la protéine spike du SARS-CoV-2. Les mutations de la protéine spike peuvent être préoccupantes, car cette protéine est la partie du virus qui interagit avec les récepteurs à la surface de la cellule hôte, permettant au virus de se lier à la cellule hôte, puis d’y pénétrer. Certaines parties de la protéine spike sont également des cibles fréquentes des anticorps produits par le système immunitaire de l’organisme pour se défendre contre le virus. Cela signifie que les mutations qui affectent la protéine spike pourraient permettre au virus d’attaquer plus facilement une cellule hôte et/ou qu’il pourrait être plus difficile pour le système immunitaire d’attaquer le virus. Cela pourrait augmenter l’infectiosité du virus, et éventuellement la sévérité de la maladie. Bien qu’on ne sache pas encore combien de particules de SARS-CoV-2 doivent être inhalées pour provoquer une infection, ce nombre serait probablement inférieur pour un virus qui se lie plus facilement à la protéine spike. En outre, comme les gènes qui codent pour la protéine spike constituent également l’un des principaux composants viraux du SARS-CoV-2 recherchés par les tests viraux diagnostiques courants (tels que les tests PCR), les mutations de la protéine spike peuvent rendre plus difficile l’identification du virus par certains tests.

 

En raison de leur transmissibilité accrue, les variants alpha, bêta, gamma et delta se sont propagés dans le monde entier (3).

 

Variant alpha

 

Le variant alpha a d’abord été détecté dans le Kent, un comté du Sud-Est de l’Angleterre, et à Londres en septembre 2020 (4). Au cours des mois suivants, ce variant, qui s’est propagé plus rapidement que les autres variants circulant à l’époque, est rapidement devenu dominant au Royaume-Uni (seul le variant delta s’est révélé être encore plus transmissible ultérieurement). Le variant alpha est arrivé aux États-Unis fin novembre 2020. En janvier 2021, il s’était propagé à au moins 30 États américains et, en mars 2021, il était devenu le variant dominant dans de nombreux États américains (5). Le 8 mai, le variant alpha a atteint un pic d’environ 70 % des nouvelles infections aux États-Unis et représente maintenant environ 52 % des nouvelles infections, car il est remplacé par le variant delta (6).

 

Au Royaume-Uni, on pense que le variant alpha est associé à un risque accru de décès (7), mais d’autres études sont nécessaires pour confirmer ce point. Certaines versions du variant alpha parviennent également mieux à échapper au système immunitaire de l’organisme que d’autres variants alpha (8).

 

Deux doses du vaccin Pfizer-BioNTech sont efficaces à 90 % environ dans la prévention de l’infection par le variant alpha et à plus de 97 % dans la prévention des maladies sévères, critiques ou mortelles (9).

 

Variants bêta, gamma et epsilon

 

Le variant bêta a été détecté pour la première fois en Afrique du Sud en décembre 2020 et reste dominant là-bas. Ce variant a été détecté pour la première fois aux États-Unis à la fin du mois de janvier 2021, mais il représente actuellement moins de 1 % des infections aux États-Unis. Au Qatar, 2 doses du vaccin Pfizer-BioNTech se sont révélées efficaces à environ 75 % dans la prévention de l’infection par le variant bêta, et à plus de 97 % dans la prévention des maladies sévères, critiques ou mortelles.

 

Les variants epsilon ont été identifiés pour la première fois en Californie en février 2021. Il existe 2 principaux variants epsilon et ils représentent actuellement moins de 1 % des infections aux États-Unis (6).

 

Le variant gamma a d’abord été détecté chez des voyageurs provenant du Brésil, qui ont été testés lors d’un dépistage de routine dans un aéroport au Japon, début janvier 2021. Ce variant est dominant au Brésil et se propage dans toute l’Amérique du Sud (10). À la mi-juin 2021, il représentait plus de 16 % des infections aux États-Unis, ayant presque doublé au cours du mois précédent (6). Ce variant émergent doit être surveillé de près.

 

Variant delta

 

Le variant delta, qui est dominant en Inde, a un taux de transmission environ 40 % plus élevé que le variant alpha, qui est lui-même 50 % plus transmissible que la souche initiale du virus. Au Royaume-Uni, le variant delta a désormais remplacé les autres variants et représente actuellement 96 % de tous les nouveaux cas.

 

Les symptômes de l’infection par le variant delta diffèrent de ceux de la souche virale d’origine. Les céphalées, les maux de gorge et l’écoulement nasal sont fréquents, plutôt que les symptômes classiques du COVID-19 (tels que toux, fièvre et perte de l’odorat ou du goût).

 

Le variant delta est plus susceptible d’entraîner des hospitalisations que le variant alpha, malgré une propagation principalement chez les personnes plus jeunes. En Angleterre, le variant delta se propage principalement dans les groupes non vaccinés, mais environ 6 % des nouveaux cas concernaient des personnes entièrement vaccinées et 26 % des nouveaux cas concernaient des personnes ayant reçu 1 dose de vaccin (11). Le variant delta semble également être dangereux. En Angleterre, une étude a examiné 42 décès chez des personnes présentant le variant delta et a révélé que 23 d’entre elles n’étaient pas vaccinées, 7 avaient reçu une seule dose de vaccin et 12 avaient été entièrement vaccinées. En raison de la propagation du variant delta, le retrait prévu par l’Angleterre de toutes les restrictions de santé publique restantes le 21 juin 2021 a été retardé.

 

La situation au Royaume-Uni laisse pressentir ce qu’il se passera aux États-Unis, au fur et à mesure que le variant delta remplace le variant alpha comme cause de nouveaux cas ; le variant delta est passé de 0,1 % des nouveaux cas début avril 2021 à 10 % des nouveaux cas le 5 juin 2021, et à plus de 20 % le 19 juin (6).

 

Néanmoins, il est prouvé que 2 doses des vaccins Pfizer-BioNTech et AstraZeneca permettent une efficacité similaire contre le variant delta et contre le variant alpha. Dans un récent communiqué de presse, Public Health England a déclaré que 2 doses du vaccin Pfizer-BioNTech sont efficaces à 96 % dans la prévention des hospitalisations et à 88 % dans la prévention des maladies symptomatiques, et que 2 doses du vaccin AstraZeneca sont efficaces à 92 % dans la prévention des hospitalisations et à 67 % dans la prévention des maladies symptomatiques (12).

 

Bien que les schémas vaccinaux complets semblent fournir une excellente protection contre le variant delta, une seule dose de ces vaccins à deux doses n’offre qu’une protection limitée : une dose du vaccin Pfizer-BioNTech ou du vaccin AstraZeneca n’était efficace qu’à 33 % contre la maladie symptomatique causée par le variant delta par rapport à une efficacité d’environ 50 % contre le variant alpha. Cette découverte a incité les gouvernements du Royaume-Uni et de la France à réduire la période entre les deux doses.

 

Une étude récente a analysé les taux d’anticorps dans le sang de 250 personnes en bonne santé jusqu’à 3 mois après la première d’une ou deux doses du vaccin Pfizer-BioNTech contre le Covid-19 (13). Les personnes entièrement vaccinées avec deux doses du vaccin présentaient des taux d’anticorps neutralisants qui étaient plus de cinq fois inférieurs contre le variant delta que par rapport à la souche d’origine. La réponse des anticorps était encore plus faible chez les personnes qui n’avaient reçu qu’une seule dose. Les taux d’anticorps neutralisants sont plus faibles avec l’âge, et les taux diminuent au fil du temps, ce qui suggère qu’une dose de rappel peut être nécessaire chez les personnes vulnérables. En outre, une vaccination partielle pourrait permettre l’émergence de nouveaux variants qui échappent plus facilement au contrôle immunitaire.

 

Conclusions

La prévention du COVID-19 devient particulièrement importante à l’heure actuelle, car des variants plus hautement transmissibles émergent. Plus un virus circule dans la population humaine, plus il a d’opportunités de muter. Le ralentissement de la transmission ralentit l’émergence des mutations. Cependant, les interventions non pharmaceutiques visant à réduire la transmission, y compris le port du masque, la distanciation sociale, l’amélioration de la ventilation intérieure, l’évitement des endroits bondés et la restriction des déplacements, sont en train d’être supprimées dans de nombreuse régions, augmentant le risque de transmission. De plus, il n’existe actuellement aucun médicament antiviral pouvant être facilement pris pour prévenir ou traiter le début d’infection par le SARS-CoV-2. 

 

Néanmoins, nous avons la chance d’avoir plusieurs vaccins qui sont efficaces à environ 90 % dans la prévention des infections symptomatiques et encore plus efficaces dans la prévention des hospitalisations et des décès par COVID-19 causés par les variants plus facilement transmissibles et virulents du SARS-CoV-2, mais uniquement en cas de vaccination complète avec les deux doses. La vaccination partielle avec une dose de ces vaccins ne s’est pas révélée efficace et peut être dangereuse. Même après deux doses de ces vaccins, une dose de rappel sera peut-être nécessaire par la suite, car les taux d’anticorps neutralisants diminuent au fil du temps. Les variants du SARS-CoV-2 sont dangereux, mais peuvent être contrôlés en vaccinant pleinement les populations partout dans le monde aussi rapidement que possible.

 

Références

 

1. Centers for Disease Control and Prevention: SARS-CoV-2 variants classifications and definitions. 23 juin 2021. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-info.html

2. World Health Organization (WHO): Tracking SARS-CoV-2 variants. 31 mai 2021. https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/

3. Centers for Disease Control and Prevention: COVID data tracker: Global variants report. Consulté le 23 juin 2021. https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#global-variant-report-map

4. Rambaut A, Loman N, Pybus O, et al: Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations. 9 décembre 2020. https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563

5. Washington NL, Gangavarapu K, Zeller M, et al: Genomic epidemiology identifies emergence and rapid transmission of SARS-CoV-2 B.1.1.7 in the United States. [PRÉPUBLICATION] MedRxiv 7 février 2021 https://doi.org/10.1101/2021.02.06.21251159v1

6. Centers for Disease Control and Prevention: COVID data tracker. Variant proportions. Consulté le 23 juin 2021. https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#variant-proportions

7. Iacobucci G: Covid-19: New UK variant may be linked to increased death rate, early data indicate, BMJ 372:n230, 2021 doi:10.1136/bmj.n230. https://www.bmj.com/content/372/bmj.n230

8. Wise J: Covid-19: The E484K mutation and the risks it poses. BMJ 372:n359, 2021. Doi:10.1136/bmj.n359. https//www.bmj.com/content/372/bmj.n359

9. Abu-Raddad LJ, Chemaitelly H Effectiveness of the BNT162b2 Covid-19 vaccine against the B.1.1.7 and B.1.351 variants. N Engl J Med 5 mai : NEJMc2104974, 2021. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8117967/

10. Taylor L: Covid-19: How the Brazil variant took hold of south America. BMJ 373:n1227, 2021. https://www.bmj.com/content/373/bmj.n1227

11. Davis N: Delta variant causes more than 90% of new Covid cases in UK. The Guardian 11 juin 2021.https://www.theguardian.com/world/2021/jun/11/delta-variant-is-linked-to-90-of-covid-cases-in-uk

12. Public Health England: Vaccines highly effective against hospitalisation from delta variant. [communiqué de presse] 14 juin 2021 https://www.gov.uk/government/news/vaccines-highly-effective-against-hospitalisation-from-delta-variant

13. Haas EJ, Angulo FJ, McLaughlin JM, et al: Impact and effectiveness of mRNA BNT162b2 vaccine against SARS-CoV-2 infections and COVID-19 cases, hospitalisations, and deaths following a nationwide vaccination campaign in Israel: An observational study using national surveillance data. Lancet 397: P1819-P1829, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00947-8/fulltext

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