La plupart des petites communications interauriculaires ou de taille modérée sont asymptomatiques. Même de grandes communications peuvent ne pas causer de symptômes. Des shunts plus importants peuvent entraîner un retard de prise de poids au cours de la petite enfance, une intolérance à l'effort, une dyspnée d'effort, de l'asthénie et/ou des palpitations chez les patients plus âgés. Le passage de microemboles venant de la circulation veineuse à travers la communication interauriculaire (embolie paradoxale), souvent associé à des troubles du rythme, peut occasionner des troubles thrombo-emboliques systémiques ou cérébraux, comme une accident vasculaire cérébral. Plus rarement, lorsque la communication interauriculaire n'a été ni diagnostiquée ni traitée pendant des décennies, un syndrome d'Eisenmenger Syndrome d'Eisenmenger pourra apparaître.