Le genre Salmonella est divisé en 2 espèces, S. enterica et S. bongori, qui comprennent > 2500 sérotypes connus. Certains de ces sérotypes sont nommés. Dans de tels cas, l'habitude est de raccourcir le nom scientifique et de ne citer que le genre et le sérotype; p. ex., S. enterica, sous-espèce enterica, sérotype Typhi est raccourci en Salmonella Typhi.
Salmonella peut aussi être divisée en 3 groupes en fonction de la façon dont le microrganisme est adapté à des hôtes humains:
Ceux très adaptés à l'hôte humain: ce groupe comprend S. typhi et S. paratyphi types A, B (également appelés S. schottmülleri) et C (également dénommés S. hirschfeldii), qui ne sont pathogènes que chez l'homme et responsables de la fièvre entérique (typhoïde).
Ceux adaptés à des hôtes non humains ou qui sont la cause de maladie presque exclusivement chez les animaux: certaines souches de ce groupe, S. Dublin (bovins), S. Arizonae (reptiles) et S. Choleraesuis (porcs) sont également pathogènes pour l'homme.
Ceux qui ont une large gamme d'hôtes: ce groupe comprend > 2000 sérotypes (p. ex., S. Enteritidis, S. Typhimurium) qui causent des gastro-entérites à Salmonella et sont responsables de 85% des infections à Salmonella aux États-Unis.
