Les antibiogrammes permettent de déterminer la sensibilité d'un micro-organisme aux antimicrobiens en mettant en présence une concentration standard du germe et des concentrations spécifiques d'antimicrobiens. Les antibiogrammes peuvent être effectués dans le cas des bactéries, des champignons et des virus. Dans le cas de certains micro-organismes, les résultats obtenus pour un antimicrobien laissent présumer de la sensibilité aux antimicrobiens de même catégorie. Ainsi, tous les antimicrobiens potentiellement utilisables ne sont pas testés.
Les antibiogrammes sont réalisés in vitro et peuvent ne pas tenir compte de nombreux facteurs in vivo (p. ex., pharmacodynamique et pharmacocinétique, concentrations variables du médicament selon les tissus, état immunitaire de l'hôte, immunité locale spécifique de l'hôte) qui influencent le succès du traitement. Ainsi, les résultats des antibiogrammes ne permettent pas toujours de prévoir l'efficacité réelle du traitement.
Les antibiogrammes peuvent être qualitatifs, semi-quantitatifs ou utiliser des techniques de biologie moléculaire basées sur les acides nucléiques. On peut également déterminer l'efficacité d'une association d'antimicrobiens (tests de synergie).
Méthodes qualitatives
Les méthodes qualitatives sont moins précises que les méthodes semi-quantitatives. Les résultats sont généralement rapportés de l'une des manières suivantes:
Sensible (S)
Intermédiaire (I)
Résistant (R)
Certaines souches n'ayant pas de critères de résistance établis peuvent être signalées seulement comme sensibles ou non sensibles. Définir quelles concentrations spécifiques de médicament correspondent à S, I et R dépend de plusieurs facteurs, en particulier de données pharmacocinétiques, pharmacodynamiques, cliniques et microbiologiques.
La méthode de diffusion par disques, couramment utilisée (également connue sous le nom de test de Kirby-Bauer), est indiquée pour les micro-organismes à croissance rapide. Elle consiste à placer des disques imprégnés d'antibiotiques sur des plaques de gélose ensemencées avec le micro-organisme à tester. Après incubation (en général 16 à 18 h), le diamètre de la zone d'inhibition autour de chaque disque est mesuré. Chaque association d'un micro-organisme avec un antibiotique produit un diamètre particulier se traduisant par S, I ou R.
Méthodes semi-quantitatives
Les méthodes semi-quantitatives permettent de déterminer in vitro la concentration minimale inhibitrice d'un antimicrobien vis-à-vis d'un micro-organisme particulier. Cette concentration minimale inhibitrice (CMI) est présentée sous forme d'une valeur numérique qui peut ensuite être traduite en l'un des 4 groupes: S (sensible), I (intermédiaire), R (résistant) ou parfois non sensible. La détermination de la CMI est utilisée principalement pour les isolats de bactéries, y compris les mycobactéries et les anaérobies, et parfois pour les champignons, en particulier les espèces de Candida.
La concentration minimale bactéricide (CMB) peut également être déterminée, mais sa détermination est techniquement difficile et aucune norme d'interprétation n'a été validée. L'utilité du test de la CMB est qu'il indique si un antimicrobien peut être bactériostatique ou bactéricide.
L'antimicrobien peut être dilué dans de la gélose ou du bouillon, qui est ensuite ensemencé avec le micro-organisme. La dilution en bouillon est la méthode de référence, mais elle est laborieuse, car une seule concentration du médicament peut être testée par tube. Une méthode plus efficace utilise une bande de film de polyester imprégnée d'un antimicrobien avec un gradient de concentration sur toute sa longueur. La bandelette est appliquée sur la plaque de gélose ensemencée et la CMI est déterminée par l'endroit où débute l'inhibition sur la bandelette; plusieurs antimicrobiens peuvent être testés sur une même plaque.
La CMI permet d'établir une corrélation entre la sensibilité du micro-organisme au médicament et la concentration tissulaire possible du médicament libre (c'est-à-dire le médicament non lié aux protéines). Si la concentration tissulaire du médicament libre est supérieure à la CMI, le traitement sera probablement efficace. Les désignations S, I et R tirées de l'étude des CMI sont généralement corrélées avec les concentrations sériques, plasmatiques ou urinaires atteignables de médicament libre.
Méthodes basées sur les acides nucléiques
Ces tests utilisent des méthodes basées sur les acides nucléiques semblables à celles utilisées pour identifier les micro-organismes mais modifiées pour détecter des gènes ou des mutations de résistance connus. Un exemple en est mecA, un gène de résistance à l'oxacilline de S. aureus; si ce gène est présent, le micro-organisme est considéré comme résistant à la plupart des beta-lactamines quels que soient les résultats de l'antibiogramme. Cependant, bien qu'un certain nombre de ces gènes soient connus, leur présence ne confère pas nécessairement au micro-organisme une résistance in vivo. En outre, comme de nouvelles mutations ou d'autres gènes de résistance peuvent être présents, leur absence ne garantit pas non plus la sensibilité au médicament. Pour toutes ces raisons, les méthodes de test de sensibilité phénotypique de routine demeurent l'approche standard d'évaluation de la sensibilité des bactéries et des champignons aux médicaments antimicrobiens.
Cependant, les méthodes basées sur les acides nucléiques sont préférées pour ce qui suit
Diagnostic rapide de la tuberculose multirésistante dans les groupes à risque
Détection rapide de la résistance possible des micro-organismes directement obtenus à partir d'hémocultures positives
