Les amibes libres sont des protozoaires qui vivent de façon indépendante dans le sol ou l'eau et ne nécessitent ni hôte humain ni animal. Elles ne provoquent que rarement une maladie, contrairement à l'amibe parasite de l'intestin Entamoeba histolytica, qui est un agent fréquent d'infection intestinale (amibiase). Les amibes libres pathogènes appartiennent aux genres Naegleria, Acanthamoeba, et Balamuthia et Sappinia.
On observe 3 syndromes principaux:
Acanthamoeba et Balamuthia peut également causer des lésions de la peau ou une maladie disséminée chez les sujets immunodéprimés; Acanthamoeba peut également causer une infection des sinus ou des poumons.