La operación de intercambio arterial (de Jatene) se realiza en forma típica durante la primera semana de vida. Se seccionan los segmentos proximales de la aorta y la arteria pulmonar, se conecta la aorta al ventrículo izquierdo, y la arteria pulmonar al ventrículo derecho. El procedimiento también incluye la reconexión de las arterias coronarias para que el músculo cardiaco reciba la sangre oxigenada.