Los ovoquistes de Cystoisospora belli no esporulan (es decir, no son infecciosos) cuando se expulsan en las heces. Por lo tanto, no se produce transmisión fecal-oral directa.

1. Los ovoquistes inmaduros se excretan en las heces. Cada ovoquiste suele contener un solo esporoblasto. El esporoblasto se divide en dos y secreta una pared del quiste, convirtiéndose en 2 esporoquistes. Los esporoquistes se dividen y producen esporozoitos.

2. Los ovoquistes son ingeridos y salen del quiste. Se liberan esporozoitos que invaden las células epiteliales.

3-5. Dentro de las células, se multiplican asexualmente. Transcurrida una semana como mínimo, se desarrollan los gametocitos masculinos y femeninos. La fertilización da lugar a ovoquistes, que se eliminan en las heces.