Les bactéries sont des microrganismes qui ont un ADN double brin circulaire et (à l'exception des mycoplasmes) des parois cellulaires. La plupart des bactéries sont extracellulaires. Certaines bactéries (p. ex., Salmonella typhi; Neisseria gonorrhoeae; Legionella, Mycobacterium, Rickettsia, Chlamydia, et Chlamydophila spp) résident et se répliquent préférentiellement en intracellulaire. Certaines bactéries telles que les Chlamydiae, Chlamydophila sp, et les rickettsies sont obligatoirement intracellulaires (c'est-à-dire, qu'elles ne peuvent croître, se reproduire et induire des maladies qu'à l'intérieur des cellules de l'hôte). D'autres (p. ex., Salmonella typhi, Brucella sp, Francisella tularensis, N. gonorrhoeae, N. meningitidis, Legionella et Listeria spp, Mycobacterium tuberculosis) sont des pathogènes intracellulaires facultatifs.