Maladies infectieuses

Un individu sain vit en harmonie avec la flore microbienne qui le protège de l'invasion par des germes pathogènes, habituellement définis comme des microrganismes qui ont la capacité de déclencher une maladie. La flore microbienne, principalement bactérienne et fongique, comprend la flore résidante normale qui est systématiquement présente et se reforme rapidement en cas de destruction, et la flore transitoire qui peut coloniser un hôte pendant des heures voire des semaines, mais qui ne s'installe pas définitivement. Les microrganismes de la flore normale peuvent parfois déclencher une maladie, en particulier en cas d'altération des défenses de l'hôte.

Les examens biologiques permettent d'identifier les microrganismes de façon directe (p. ex., examen macroscopique, microscopique, mises en culture) ou indirectement (p. ex., par recherche d'Ac spécifiques d'un microrganisme). Les principaux types de tests comprennent les suivants

L'immunité peut être obtenue

Les bactéries peuvent être classées selon leur besoin et leur tolérance à l'oxygène:

Les parasites de l'homme sont des microrganismes qui vivent sur ou dans une personne et tirent leurs nutriments de cette personne (l'hôte). Il existe 3 types de parasites:

Le terme d'arbovirus (arthropod-borne virus) s'applique à tout virus transmis aux humains et/ou à d'autres vertébrés par certains types d'arthropodes hématophages, principalement les insectes (mouches et moustiques) et arachnides (tiques). L'arbovirus ne fait pas partie du système actuel de classification des virus, qui est basé sur la nature et la structure du génome viral.

Les bactéries sont des microrganismes qui ont un ADN double brin circulaire et (à l'exception des mycoplasmes) des parois cellulaires. La plupart des bactéries sont extracellulaires. Certaines bactéries (p. ex., Salmonella typhi; Neisseria gonorrhoeae; Legionella, Mycobacterium, Rickettsia, Chlamydia, et Chlamydophila spp) résident et se répliquent préférentiellement en intracellulaire. Certaines bactéries telles que les Chlamydiae, Chlamydophila sp, et les rickettsies sont obligatoirement intracellulaires (c'est-à-dire, qu'elles ne peuvent croître, se reproduire et induire des maladies qu'à l'intérieur des cellules de l'hôte). D'autres (p. ex., Salmonella typhi, Brucella sp, Francisella tularensis, N. gonorrhoeae, N. meningitidis, Legionella et Listeria spp, Mycobacterium tuberculosis) sont des pathogènes intracellulaires facultatifs.

Le cycle évolutif de tous les ténias (cestodes) comprend 3 stades, œufs, larves et adultes. Les adultes vivent dans les intestins des hôtes finaux, représentés par des mammifères carnivores ou omnivores. Plusieurs ténias adultes qui infestent l'homme sont nommés d'après la nature de leur hôte intermédiaire principal:

Trois espèces de Chlamydia sont pathogènes pour l'homme, notamment responsables de maladies sexuellement transmissibles et d'infections respiratoires. Toutes sont sensibles aux macrolides (p. ex., l'azithromycine), aux tétracyclines (p. ex., la doxycycline) et aux fluoroquinolones.

L'entérovirus, ainsi que les rhinovirus (voir Rhume banal) et les paréchovirus humains, sont des picornavirus (pico, ou petits virus à ARN). Les paréchovirus humains types 1 et 2 étaient précédemment appelés échovirus 22 et 23 mais ont été reclassés. Tous les entérovirus sont antigéniquement hétérogènes et ont une large répartition géographique.

Les amibes libres sont des protozoaires qui vivent de façon indépendante dans le sol ou l'eau et ne nécessitent ni hôte humain ni animal. Elles ne provoquent que rarement une maladie, contrairement à l'amibe parasite de l'intestin Entamoeba histolytica, qui est un agent fréquent d'infection intestinale (amibiase). Les amibes libres pathogènes appartiennent aux genres Naegleria, Acanthamoeba, et Balamuthia et Sappinia.

Les infections mycosiques sont souvent classées comme

Les bacilles Gram négatifs sont responsables de nombreuses pathologies. Certains sont des microrganismes commensaux présents dans la flore intestinale normale. Ces microrganismes commensaux ainsi que d'autres provenant de réservoirs animaux ou environnementaux peuvent devenir pathogènes.

Acinetobacter sp sont des microrganismes Gram-négatifs pouvant causer des infections suppuratives dans tous les organes; ces bactéries sont souvent opportunistes chez les patients hospitalisés.

Les entérocoques sont des microrganismes anaérobies facultatifs à Gram positif. Enterococcus faecalis et E. faecium provoquent toute une gamme d'infections, dont des endocardites, des infections urinaires, des prostatites, des infections intra-abdominales, une cellulite et des infections de plaies, ainsi que des bactériémies concomitantes.

Le charbon (anthrax) est dû à Bacillus anthracis, qui est un microrganisme anaérobie facultatif encapsulé producteur de toxines. Le charbon (anthrax), une maladie souvent mortelle chez les animaux, est transmis à l'homme par contact avec des animaux infectés ou leurs produits. Chez l'homme, l'infection est habituellement contractée via la peau. Les infections pulmonaires sont moins fréquentes; les infections méningées et gastro-intestinales sont rares. Dans les infections par inhalation et les infections gastro-intestinales, des symptômes locaux non spécifiques sont habituellement suivis en quelques jours d'atteintes généralisées sévères, d'un état de choc et souvent de la mort. Le traitement empirique repose sur la ciprofloxacine ou la doxycycline. Un vaccin est disponible.

Huit herpes virus différents infectent l'homme ( Herpèsvirus qui infectent l'homme). Après l'infection initiale, tous les herpès virus restent latents dans les cellules hôtes spécifiques et peuvent ultérieurement se réactiver. Les syndromes cliniques dus à la primo-infection peuvent être très différents de ceux provoqués par la réactivation de ces virus. Les virus herpétiques ne survivent pas longtemps en dehors de l'hôte; ainsi, la transmission nécessite habituellement un contact intime. Chez le sujet présentant une infection latente, le virus peut se réactiver sans causer de symptômes; dans de tels cas, une excrétion asymptomatique se produit et le sujet peut transmettre l'infection.

L'infection par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) est due à 1 de 2 rétrovirus similaires (VIH-1 et VIH-2) qui détruisent les lymphocytes CD4+ et perturbent le fonctionnement de l'immunité à médiation cellulaire, ce qui entraîne une augmentation du risque de certaines infections et de certains cancers. L'infection initiale peut entraîner une maladie fébrile non spécifique. Le risque de manifestations ultérieures, liées au déficit immunitaire, est proportionnel au taux de déplétion lymphocytaire CD4+. Le VIH peut léser directement le cerveau, les gonades, les reins et le cœur, provoquant un déficit cognitif, un hypogonadisme, une insuffisance rénale et une cardiomyopathie. Les manifestations peuvent aller de formes asymptomatiques, au syndrome d'immunodéficience acquise (SIDA), qui se définit par des infections opportunistes sévères ou des cancers ou une numération des CD4 < 200/mcL. L'infection par le VIH peut être diagnostiquée au moyen de test des Ac, des acides nucléiques (ARN du VIH) ou des Ag (p24). Ces tests de dépistage doivent être systématiquement proposés aux adultes et aux adolescents. Le traitement vise à supprimer la réplication du VIH en utilisant des associations de ≥ 3 médicaments qui inhibent les enzymes du VIH; le traitement peut restaurer la fonction immunitaire chez la plupart des patients si la suppression de la réplication est soutenue.

Les pathogènes protozoaires intestinaux les plus importants sont

La tuberculose (TB) est une infection mycobactérienne chronique, évolutive, souvent avec une période de latence qui fait suite à l'infection initiale. La tuberculose affecte le plus souvent les poumons. Les symptômes comprennent une toux productive, de la fièvre, une perte de poids et une sensation de malaise. Le diagnostic est le plus souvent établi par le frottis et la culture et, de plus en plus, par des tests diagnostiques moléculaires rapides. Le traitement repose sur une association de médicaments antimicrobiens administrés pendant 6 mois au moins.

L'angiostrongylose est une infection transmise par les larves de vers du genre Angiostrongylus; on observe des symptômes intestinaux ou une méningite à éosinophiles selon les espèces en cause.

La variole simienne, une maladie rare, est causée par le virus de la variole simienne (monkeypox) qui est structurellement apparenté au virus de la variole et entraîne une maladie semblable, mais moins sévère.

Les rickettsioses et les maladies liées (anaplasmose, ehrlichiose, fièvre Q, typhus des broussailles) sont dues à un groupe de coccobacilles nécessairement intracellulaires, Gram négatifs. Tous sauf Coxiella burnetii, ont un arthropode vecteur. La symptomatologie comprend habituellement une fièvre d'apparition brutale accompagnée de céphalées intenses, d'une sensation de malaise, de prostration et, dans la plupart des cas, d'une éruption caractéristique. Le diagnostic est clinique et confirmé par immunofluorescence ou Polymerase Chain Reaction (PCR). Le traitement repose sur les tétracyclines ou, sauf en cas d'anaplasmose et d'ehrlichiose, sur le chloramphénicol.

Les maladies sexuellement transmissibles appelées également infections sexuellement transmissibles (IST) peuvent être dues à divers microrganismes sexuellement transmissibles qui présentent des caractéristiques très variables de taille, de cycle évolutif, de symptomatologie et de sensibilité aux traitements disponibles.

Le bejel, la pinta et le pian (tréponématoses endémiques) sont des infections à spirochètes chroniques, tropicales et non vénériennes, transmises par contact corporel. Les symptômes du bejel sont des lésions muqueuses et des lésions cutanées, suivies de gommes osseuses et cutanées. Le pian entraîne des périostites et des lésions dermiques. Les lésions de la pinta sont confinées au derme. Le diagnostic est clinique et épidémiologique. Le traitement repose sur la pénicilline.

Les trématodes sont des vers parasites plats qui infestent les vaisseaux, l'appareil digestif, les poumons ou le foie. Ils sont souvent classés selon le système principal qu'ils envahissent:

Les virus sont les plus petits des parasites, typiquement allant de 0,02 à 0,3 micromètre, bien que plusieurs virus de très grandes dimensions jusqu'à 1 micromètre de long (megavirus chilensis, pandoravirus) aient été récemment découverts. Les virus dépendent entièrement des cellules (bactériennes, végétales ou animales) pour leur reproduction. Les virus ont une enveloppe extérieure protéique et parfois lipidique, un noyau d'ARN ou d'ADN et parfois les enzymes nécessaires aux premières étapes de la réplication virale.