Les toxines produites par des souches de Clostridioides difficile dans le tube digestif entraînent une colite pseudo-membraneuse, habituellement après l'utilisation d'antibiotiques. Les symptômes sont une diarrhée, parfois hémorragique, évoluant rarement en mégacôlon toxique, perforation colique, sepsis ou en abdomen chirurgical aigu. Le diagnostic repose sur l'identification de l'antigène ou de la toxine C. difficile dans les selles. Le traitement de première intention est la fidaxomicine ou la vancomycine par voie orale.
(Voir aussi Revue générale des bactéries anaérobies et Revue générale des infections clostridiales.)
C. difficile est la cause la plus courante de colite associée aux antibiotiques et était généralement d'origine nosocomiale. Cependant, les cas associés aux soins de santé diminuent, tandis que les cas d'origine communautaire augmentent lentement au fil du temps (1, 2).
Les facteurs de risque d'infection à C. difficile comprennent :
Âge avancé
Exposition aux antibiotiques
Séjour prolongé en hôpital
Vie en centre de long séjour
Maladie sous-jacente sévère
Utilisation d'inhibiteurs de la pompe à protons et de bloqueurs de H2
Chirurgie abdominale
C. difficile est porté asymptomatiquement par 4 à 15% des adultes en bonne santé, jusqu'à 21% des adultes hospitalisés et par 15 à 30% des résidents des établissements de soins de longue durée (3). Il est répandu dans l'environnement (p. ex., sol, eau, animaux domestiques). La maladie peut se développer après la prolifération de micro-organismes C. difficile endogènes dans l'intestin ou après une infection provenant d'une source externe. Le personnel soignant est fréquemment à l'origine de la transmission.
Une souche plus virulente, BI/NAP1/027 (binary/North American pulsed-field type 1 [NAP1]/ribotype 027), est prépondérante dans les épidémies contractées à l'hôpital. Cette souche produit beaucoup plus de toxine, provoque une maladie plus sévère avec un risque plus élevé de rechute, est plus transmissible et répond moins bien aux traitements antibiotiques.
Références générales
1. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Clostridioides difficile Infection (CDI) Surveillance. June 24, 2025. Accessed August 15, 2025.
2. Guh AY, Mu Y, Winston LG, et al. Trends in U.S. Burden of Clostridioides difficile Infection and Outcomes. N Engl J Med. 2020;382(14):1320-1330. doi:10.1056/NEJMoa1910215
3. Kelly CR, Fischer M, Allegretti JR, et al. ACG Clinical Guidelines: Prevention, diagnosis, and treatment of Clostridioides difficile infections. Am J Gastroenterol. 2021;116(6):1124–1147. doi:10.14309/ajg.0000000000001278
Physiopathologie de l'infection par Clostridioides difficile
Les modifications de la flore gastro-intestinale dues aux antibiotiques sont le principal facteur prédisposant. Bien que la plupart des antibiotiques aient été impliqués, les suivants présentent les risques les plus élevés:
Céphalosporines (en particulier de 3e génération)
Pénicillines (en particulier l'ampicilline et l'amoxicilline)
Clindamycine
Fluoroquinolones
L'infection par Clostridioides difficile peut également survenir après l'utilisation de certains médicaments antinéoplasiques.
Le microrganisme sécrète à la fois une entérotoxine et une cytotoxine, généralement appelées toxines A et B. Cependant, toutes les souches de C. difficile ne produisent pas de toxines et certains individus sont porteurs asymptomatiques de souches productrices de toxines. Ce portage est particulièrement courant chez les nourrissons (1). Le principal effet de la toxine est sur le côlon, qui sécrète un liquide et développe des pseudomembranes caractéristiques, des plaques jaune blanchâtre discrètes qui sont facilement mobilisables. Ces plaques peuvent fusionner dans les cas sévères.
Le mégacôlon toxique, bien que rare, est légèrement plus fréquent après l'utilisation de médicaments ralentissant le transit. La dissémination locorégionale est très rare, de même que les sepsis et les abdomens chirurgicaux aigus.
L'arthrite réactionnelle s'est rarement produite après une infection par Clostridioides difficile.
Référence pour la physiopathologie
1. Tougas SR, Lodha N, Vandermeer B, et al. Prevalence of Detection of Clostridioides difficile Among Asymptomatic Children: A Systematic Review and Meta-analysis. JAMA Pediatr. 2021;175(10):e212328. doi:10.1001/jamapediatrics.2021.2328
Symptomatologie de l'infection par Clostridioides difficile
Les symptômes débutent habituellement 5 à 10 jours après le début du traitement antibiotique, mais peuvent survenir dès le 1er jour ou jusqu'à 2 mois après.
La diarrhée peut être modérée avec des selles semi-formées, abondantes et aqueuses ou parfois sanglantes. Les crampes ou la douleur sont fréquentes, mais les nausées et les vomissements sont rares. L'abdomen peut être légèrement sensible à la palpation. Une fièvre et une leucocytose peuvent être présentes.
Les patients qui ont une colite fulminante, qui est caractérisée par une inflammation aiguë sévère du côlon et une toxicité systémique, ont plus de douleur et semblent très malades, avec une tachycardie, une distension et une sensibilité abdominales. En cas de perforation du côlon, des signes péritonéaux sont présents.
Diagnostic de l'infection par Clostridioides difficile
Dosage de l'antigène glutamate déshydrogénase (GDH) dans les selles
Dosage de la toxine de C. difficile dans les selles
Test d'amplification des acides nucléiques du gène de la toxine
Parfois, sigmoïdoscopie
Une infection par C. difficile doit être suspectée chez tout patient qui développe une diarrhée nouvelle et persistante dans les 2 mois suivant une antibiothérapie ou dans les 72 heures suivant l'admission à l'hôpital, en l'absence d'une autre étiologie, telle que l'utilisation de laxatifs ou une nutrition entérale administrée par sonde d'alimentation.
L'antigène glutamate déshydrogénase (GDH) est produit par toutes les souches de C. difficile. Le test ELISA (Enzyme-linked immunosorbent assay) pour l'antigène dans les selles est sensible et peut être effectué très rapidement. Cependant, un test positif indique uniquement la présence de l'organisme et non s'il est toxigène (1).
Des dosages de toxines par méthode ELISA peuvent également être effectués rapidement. Le test est spécifique de la maladie active mais n'est pas particulièrement sensible, d'où la survenue de résultats faussement négatifs.
Un test d'amplification d'acide nucléique (TAAN) utilisant la réaction en chaîne par polymérase (PCR) pour détecter le gène de la toxine est très sensible à la présence de souches toxinogènes mais ne détecte pas si les organismes produisent activement la toxine. Ce test reste souvent positif après un traitement efficace, il peut donc être difficile à interpréter chez les patients qui ont une maladie antérieure connue.
En raison des taux élevés de colonisation, les tests ne doivent être effectués que chez les patients symptomatiques (c'est-à-dire ceux présentant plusieurs selles liquides), et les résultats des tests doivent être interprétés dans le contexte clinique approprié. Plusieurs ou tous ces tests sont généralement effectués, soit séquentiellement, soit simultanément. Une des stratégies consiste à effectuer d'abord des dosages de la GDH et des toxines. Si elles sont concordantes (c'est-à-dire, toutes deux positives ou négatives), la maladie est considérée comme confirmée ou exclue. Les résultats discordants (c'est-à-dire, un positif, un négatif) sont résolus en fonction des résultats des tests de test d'amplification des acides nucléiques (1).
Un seul prélèvement de selles est habituellement suffisant. Si le premier prélèvement est négatif, de nouveaux prélèvements ne doivent pas être soumis pendant au moins 7 jours, sauf en cas de modification clinique et de suspicion forte. Des leucocytes fécaux sont souvent présents mais pas spécifiques.
Une sigmoïdoscopie, qui peut confirmer la présence de pseudomembranes, doit être effectuée en cas d'iléus ou si les tests de recherche de toxine ne permettent pas le diagnostic.
Des radiographies abdominales, une TDM, ou les deux sont pratiquées si une colite fulminante, une perforation ou un mégacôlon sont suspectés.
Référence pour le diagnostic
1. Kelly CR, Fischer M, Allegretti JR, et al: ACG Clinical Guidelines: Prevention, diagnosis, and treatment of Clostridioides difficile infections. Am J Gastroenterol 116(6):1124–1147, 2021. doi: 10.14309/ajg.0000000000001278
Traitement de l'infection par Clostridioides difficile
Vancomycine par voie orale ou fidaxomicine par voie orale
La vancomycine ou la fidaxomicine orales pendant 10 jours sont recommandées par l'American College of Gastroenterology (1) pour le traitement d'un épisode primaire de diarrhée non sévère induite par C. difficile.
La fidaxomicine est recommandée de préférence par l'Infectious Diseases Society of America (IDSA) et la Society for Healthcare Epidemiology of America (SHEA) comme traitement de première intention de l'infection à C. difficile (2). La fidaxomicine est plus efficace que la vancomycine pour diminuer le risque de récidive, mais la vancomycine reste une alternative. Le nitazoxanide semble comparable à la vancomycine par voie orale mais n'est pas communément utilisé aux États-Unis.
Le métronidazole n'est pas recommandé en première intention comme traitement de la diarrhée induite par C. difficile chez l'adulte. Cependant, le métronidazole oral peut être utilisé si la vancomycine ou la fidaxomicine ne sont pas disponibles.
La vancomycine 500 mg par voie orale ou nasogastrique 4 fois/jour et le métronidazole 500 mg IV toutes les 8 heures sont recommandés par l'ISDA/SHEA pour les maladies fulminantes sans iléus.
En cas d'iléus, un lavement de rétention peut être administré à raison de 500 mg de vancomycine dans 10 mL de sérum physiologique par voie rectale 4 fois/jour (1).
Les antibiotiques les plus susceptibles de causer une diarrhée induite par C. difficile doivent être arrêtés dès que possible, ou les patients doivent être transférés vers un régime antibiotique moins susceptible de causer une diarrhée induite par C. difficile.
La résine de cholestyramine, la levure Saccharomyces boulardii et les probiotiques ne se sont pas révélés bénéfiques mais sont fréquemment ajoutés.
Quelques patients nécessitent une colectomie totale pour le traitement de la maladie fulminante.
Traitement des récidives
La diarrhée induite par C. difficile récidive chez 15 à 20% des patients, généralement en quelques semaines après l'arrêt du traitement. La récidive résulte souvent d'une réinfection (par la même souche ou une souche différente), mais certains cas peuvent impliquer des spores persistant de l'infection initiale. En cas d'infections récidivantes, les lignes directrices de l'ISDA suggèrent la fidaxomicine (selon un protocole standard ou selon un protocole comprenant les mêmes doses que le protocole standard mais sur une période plus longue) plutôt qu'un traitement standard par la vancomycine. La vancomycine selon un protocole en diminution et prolongé ou selon un protocole standard est une alternative pour une première récidive. En cas de récidives multiples, la vancomycine selon un protocole en diminution et prolongé, la vancomycine suivie de la rifaximine et la transplantation fécale de microbiote sont des options en plus de la fidaxomicine (2).
L'infusion de matières fécales de donneur (transplantation fécale, habituellement effectuée par coloscopie) augmente la probabilité de résolution chez les patients qui ont des récidives fréquentes; on peut supposer que le mécanisme en est la restauration d'une microflore fécale normale. Environ 200 à 300 mL de fèces de donneurs sont utilisées; les donneurs sont testés à la recherche des pathogènes entériques et systémiques. Les matières fécales peuvent être infusées à l'aide d'un tube nasal-duodénal, d'un coloscope ou d'un lavement; la méthode optimale n'a pas été déterminée.
Les capsules orales de transplantation de microbiote fécal (spores, vivantes-brpk) et une suspension de microbiote fécal (vivant-jslm) pour administration rectale sont disponibles dans le commerce. Elles peuvent être administrées quelques jours après le traitement antibiotique de l'infection récurrente à C. difficile pour éviter les récidives.
Un anticorps monoclonal humain, le bezlotoxumab, qui se lie à la toxine B de C. difficile et la neutralise, était utilisé pour la prévention des récidives, mais il n'est plus fabriqué.
Prévention
Des mesures de contrôle des infections sont vitales pour réduire la propagation de C. difficile chez les patients et les travailleurs dans le domaine de la santé. Aux États-Unis, des désinfectants tueurs de spores approuvés par l'Environmental Protection Agency (EPA) doivent être utilisés pour nettoyer l'environnement des patients si C. difficile est suspecté ou confirmé (3).
La bonne gestion des antibiotiques et l'élimination de leur utilisation inutile réduisent le risque qu'un patient développe une diarrhée induite par C. difficile.
La vancomycine orale, administrée en prophylaxie primaire ou secondaire chez les patients à haut risque de développer une diarrhée induite par C. difficile lorsqu'ils reçoivent des antibiotiques systémiques, peut avoir une certaine efficacité (4). La dose et la durée du traitement restent à déterminer de manière définitive (5).
Références pour le traitement
1. Kelly CR, Fischer M, Allegretti JR, et al. ACG Clinical Guidelines: Prevention, diagnosis, and treatment of Clostridioides difficile infections. Am J Gastroenterol. 2021;116(6):1124–1147. doi:10.14309/ajg.0000000000001278
2. Johnson S, Lavergne V, Skinner AM, et al. Clinical practice guideline by the Infectious Diseases Society of America (IDSA) and Society for Healthcare Epidemiology of America (SHEA): 2021 Focused update guidelines on management of Clostridioides difficile infection in adults. Clin Infect Dis. 2021;73(5):e1029–e1044. doi:10.1093/cid/ciab549
3. United States Environmental Protection Agency (EPA). Registered Antimicrobial Products Effective Against Clostridioides difficile (C. diff) Spores [List K]. Accessed August 15, 2025.
4. Van Hise NW, Bryant AM, Hennessey EK, Crannage AJ, Khoury JA, Manian FA. Efficacy of Oral Vancomycin in Preventing Recurrent Clostridium difficile Infection in Patients Treated With Systemic Antimicrobial Agents. Clin Infect Dis. 2016;63(5):651-653. doi:10.1093/cid/ciw401
5. Prosty C, Bortolussi-Courval E, Dubé LR, Lee TC, McDonald EG. Oral vancomycin prophylaxis for the prevention of recurrent Clostridioides difficile infection during re-exposure to systemic antibiotics: A systematic review and meta-analysis. CMI Communications. 2024;1(2):105041. doi:10.1016/j.cmicom.2024.105041
Points clés
L'antibiothérapie peut causer la prolifération intestinale de C. difficile, un producteur de toxine, qui induit une colite pseudo-membraneuse qui peut être grave et difficile à guérir.
Les céphalosporines (en particulier de 3e génération), les pénicillines, la clindamycine, et les fluoroquinolones posent le plus de risques.
Diagnostiquer en utilisant un test sur les selles pour rechercher l'antigène et la toxine de C. difficile et parfois un test PCR pour le gène de la toxine.
Traiter par la fidaxomicine ou la vancomycine orales.
Les récidives sont fréquentes; retraiter par des antibiotiques et envisager une transplantation fécale en cas de récidives réfractaires.
