Les bactéries peuvent être classées selon leur besoin et leur tolérance à l'oxygène:
Facultatives: qui se développent sous forme aérobie et anaérobie en présence ou en l'absence d'oxygène
Microaérophiles: exigent une faible concentration d'oxygène (habituellement de 2 à 10%) et, pour beaucoup, une concentration élevée de dioxyde de carbone (p. ex., 10%); poussent très mal en anaérobiose
Anaérobies obligatoires: sont incapables de métabolisme aérobie mais sont variablement tolérants à l'oxygène
Les bactéries anaérobies se multiplient sur des sites à faible potentiel d'oxydoréduction (p. ex., tissus nécrotiques dévascularisés). L'oxygène est toxique pour elles. Les anaérobies obligatoires ont été classés en fonction de leur tolérance à l'oxygène:
Stricts: ils ne tolèrent que ≤ 0,5% d'oxygène
Modérés: ils tolèrent 2 à 8% d'oxygène
Anaérobies aérotolérants: ils tolèrent l'oxygène atmosphérique sur une durée limitée
Les bactéries anaérobies strictes qui causent généralement les infections peuvent tolérer l'oxygène atmosphérique pendant au moins 8 heures et souvent jusqu'à 72 heures.
Les bactéries anaérobies sont des composantes majeures de la microflore normale des muqueuses, en particulier de la bouche, des voies digestives basses et du vagin; ces anaérobies provoquent une maladie quand les barrières muqueuses sont détruites.
Les bactéries anaérobies à Gram négatif et certaines infections qu'elles provoquent comprennent
Bacteroides (le plus fréquent): infections intra-abdominales
Fusobacterium: abcès, infections cutanées, pulmonaires et intracrâniennes
Porphyromonas: par inhalation et parodontite
Prevotella: infections des tissus mous et intra-abdominales
Les bactéries anaérobies à Gram positif et certaines infections qu'elles provoquent comprennent
Actinomyces: infections de la tête, du cou, osseuses, abdominales et pelviennes et pneumonie par inhalation (actinomycose Actinomycose L'actinomycose est une infection anaérobie chronique localisée ou hématogène due à Actinomyces israelii et d'autres espèces d'Actinomyces. Les signes sont un abcès local avec de... en apprendre davantage
)Clostridia Revue générale des infections clostridiales Les Clostridium sont des bacilles anaérobies sporulés, à Gram positif, trouvés largement dans la poussière, le sol et la végétation et dans la flore normale des appareils digestifs des mammifères... en apprendre davantage : infections intra-abdominales Infections clostridiennes intra-abdominales et pelviennes Les clostridium, surtout Clostridium perfringens, sont fréquents dans des infections mixtes extra-abdominales dues à une rupture des viscères ou à une maladie pelvienne inflammatoire... en apprendre davantage (p. ex., entérite clostridiale nécrosante Entérite clostridienne nécrosante L'entérite nécrosante clostridienne est une nécrose du jéjunum et de l'iléon due à Clostridium perfringens. Les symptômes peuvent aller d'une légère diarrhée au choc septique et parfois... en apprendre davantage ), infections des tissus mous Infections clostridiennes des tissus mous Les infections des tissus mous à Clostridium comprennent la cellulite, la myosite et la myonécrose. Elles surviennent habituellement après un traumatisme. Les symptômes peuvent comprendre un... en apprendre davantage
, et gangrène gazeuse à C. perfringens; toxi-infection Intoxication alimentaire à Clostridium perfringens L'intoxication alimentaire à Clostridium perfringens est une gastro-entérite aiguë provoquée par l'ingestion d'aliments contaminés. Les symptômes les plus fréquents sont une diarrhée... en apprendre davantage alimentaire à C. perfringens type A; botulisme Botulisme Le botulisme est l'empoisonnement dû à la toxine de la bactérie Clostridium botulinum qui affecte les nerfs périphériques. Le botulisme peut survenir sans infection si la toxine est ingérée... en apprendre davantage et botulisme infantile Botulisme infantile Le botulisme infantile résulte de l'ingestion de spores de Clostridium botulinum, de leur colonisation au niveau du côlon et de la production de toxines in vivo. Les symptômes sont une... en apprendre davantage dus à C. botulinum; tétanos Tétanos Le tétanos est l'intoxication aiguë par une neurotoxine produite par Clostridium tetani. Les symptômes sont des contractures toniques intermittentes des muscles striés. La contracture... en apprendre davantage 
dû à C. tetani; et la colite et la diarrhée induite par Clostridioides (anciennement, Clostridium) difficile Diarrhée induite par Clostridioides (anciennement, Clostridium) difficile Les toxines produites par des souches de Clostridioides difficile dans le tube digestif entraînent une colite pseudo-membraneuse, habituellement après l'utilisation d'antibiotiques. Les... en apprendre davantage (colite pseudomembraneuse)Peptostreptococcus et Finegoldia: infections orales, respiratoires, osseuses et articulaires, des tissus mous et intra-abdominaux
Cutibacterium (précédemment Propionibacterium): infections sur corps étranger (p. ex., sur shunt de dérivation du liquide céphalorachidien, sur prothèses articulaires ou sur dispositifs cardiaques)
Les infections à anaérobies sont habituellement suppuratives, entraînant la formation d'abcès et une nécrose tissulaire et parfois une thrombophlébite septique et/ou la formation de gaz. De nombreux anaérobies produisent des enzymes détruisant les tissus ainsi que des toxines paralysantes parmi les plus puissantes.
Habituellement, plusieurs espèces d'anaérobies sont présentes dans les tissus infectés; des aérobies sont souvent également présents (infections anaérobies mixtes Infections mixtes à germes anaérobies Les anaérobies peuvent infecter l'hôte immunocompétent et ceux qui présentent une diminution de résistance à l'infection ou des tissus lésés. Les infections anaérobies mixtes peuvent inclure... en apprendre davantage ).
Les signes en faveur d'une infection à anaérobies sont
Flore polymicrobienne à la coloration de Gram ou en culture
Les bactéries sont visibles avec la coloration de Gram, mais les cultures aérobies sont stériles
Gaz dans le pus ou les tissus infectés
Odeur nauséabonde du pus ou des tissus infectés
Tissus nécrotiques infectés
Site de l'infection à proximité de la muqueuse où la microflore anaérobie réside habituellement
Examens complémentaires
Les prélèvements pour culture anaérobie doivent être obtenus par aspiration ou par biopsie à partir de sites normalement stériles. Le transport au laboratoire doit être rapide et le conditionnement doit procurer une atmosphère sans oxygène comportant du dioxyde de carbone, de l'hydrogène et de l'azote. Les écouvillons doivent être transportés dans un milieu semi-solide stérilisé en anaérobiose, tel que le milieu de transport Cary-Blair.
