Les oocystes de Cyclospora ne sont pas sporulés (c.-à-d. infectieux) lorsqu'ils sont éliminés dans les selles. Ainsi, la transmission fécale-orale directe ne se produit pas.

1. Les oocystes non sporulés sont excrétés de l'hôte infecté dans les selles.

2–3. Les oocystes sporulent dans l'environnement en 1 ou 2 semaines à des températures comprises entre 22 et 32° C.

4. Les oocystes sporulés contaminent la nourriture ou l'eau. Le mécanisme de la contamination n'a pas été établi.

5. Les oocystes sporulés sont ingérés dans des aliments ou de l'eau contaminés.

6. Les oocystes s'excystent dans le tractus gastro-intestinal, libérant les sporozoïtes qui envahissent les cellules épithéliales de l'intestin grêle.

7. À l'intérieur des cellules, ils se multiplient de façon asexuée et se développent sexuellement lors de la maturation des oocystes, qui sont éliminés dans les selles.