En la colangiopancreatografía retrógrada endoscópica (CPRE), se introduce un contraste radiopaco mediante un endoscopio (un tubo de visualización flexible) que se inserta por la boca y se hace llegar a través del estómago hasta el duodeno (el primer segmento del intestino delgado). El contraste radiopaco se inyecta en la vía biliar nada más pasar el esfínter de Oddi. A continuación, el colorante fluye hacia arriba por las vías biliares y a menudo muestra los conductos pancreáticos.

También se pueden utilizar instrumentos quirúrgicos con el endoscopio, lo que permite al médico extraer un cálculo de la vía biliar o insertar un tubo (stent o endoprótesis vascular) para sortear una obstrucción de la vía biliar producida por fibrosis o por cáncer.