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Infections mixtes à germes anaérobies

Par

Larry M. Bush

, MD, FACP, Charles E. Schmidt College of Medicine, Florida Atlantic University;


Maria T. Vazquez-Pertejo

, MD, FACP, Wellington Regional Medical Center

Dernière révision totale sept. 2019| Dernière modification du contenu sept. 2019
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Les anaérobies peuvent infecter l'hôte immunocompétent et ceux qui présentent une diminution de résistance à l'infection ou des tissus lésés. Les infections anaérobies mixtes peuvent inclure des espèces anaérobies uniques ou de multiples espèces anaérobies présentant un certain nombre d'isolats non anaérobies. Les symptômes dépendent du site de l'infection. Le diagnostic est clinique associé à la coloration de Gram et aux cultures anaérobies. Le traitement repose sur les antibiotiques, le drainage et le débridement chirurgical.

Des centaines d'espèces d'anaérobies non sporulés font partie de la flore normale de la peau et des muqueuses telles que celles de la bouche, du tube digestif et du vagin. Si l'équilibre entre ces germes commensaux est altéré (p. ex., par la chirurgie, un autre traumatisme, des troubles circulatoires ou une nécrose tissulaire) quelques espèces peuvent entraîner des infections sévères avec une importante morbidité et mortalité. Après s'être établie dans un site primitif, l'infection peut se propager localement et par voie hématogène sur des sites distants.

Les bactéries aérobies et anaérobies étant fréquemment présentes sur le même site infectieux, des procédures particulières d'isolement et de culture sont nécessaires pour connaître les anaérobies.

Les anaérobies peuvent être la cause principale de l'infection au niveau des sites suivants:

  • Espace pleural et les poumons

  • Maladies intra-abdominales, gynécologiques, cutanées, du système nerveux central, des voies respiratoires supérieures et des maladies cutanées

  • Bactériémie

Étiologie

Les principaux cocci à Gram positif anaérobies concernés dans les infections mixtes à anaérobies sont les

  • Peptocoques

  • Peptostreptocoques

Ces anaérobies font partie de la flore normale de la bouche, des voies respiratoires supérieures et du gros intestin.

Les principaux bacilles anaérobies Gram négatifs des infections anaérobies mixtes comprennent

  • Bacteroides fragilis

  • Prevotella melaninogenica

  • Fusobacterium spp

Le groupe B. fragilis fait partie de la flore intestinale normale et comprend les pathogènes anaérobies les plus fréquemment isolés dans les infections intra-abdominales et pelviennes. Les microrganismes du groupe Prevotella et Fusobacterium spp font partie des flores buccale, vaginale ou du gros intestin normales.

Physiopathologie

Les infections anaérobies mixtes sont habituellement caractérisées par les aspects suivants:

  • Elles se manifestent par une collection localisée de pus ou abcès.

  • La pression partielle en oxygène et un faible potentiel d'oxydoréduction prévalent dans les tissus avasculaires et nécrosés sont essentiels pour leur survie.

  • En cas de bactériémie, elle ne conduit pas habituellement à une coagulation intravasculaire disséminée (CIVD) et purpura.

Les infections clostridiennes peuvent conduire à un choc septique, ce qui n'est pas le cas pour la plupart des autres infections anaérobies.

Certaines bactéries anaérobies possèdent des facteurs de virulence particuliers. Les facteurs de virulence de B. fragilis expliquent probablement qu'il soit souvent retrouvé dans des prélèvements, en dépit de sa relative rareté dans la flore normale par rapport à d'autres Bacteroides spp. Ce microrganisme a une enveloppe polysaccharidique qui semble favoriser la formation d'abcès. Un modèle expérimental de sepsis intra-abdominal a montré que B. fragilis seul peut déclencher des abcès, alors que d'autres Bacteroides spp ont besoin de l'effet synergique d'un autre microrganisme. Un autre facteur de virulence, la puissante endotoxine, est impliqué dans le choc septique en cas de pharyngite aiguë due au Fusobacterium.

La morbidité et la mortalité par sepsis à microrganismes anaérobies ou à flore mixte peuvent aller jusqu'à celui qui est dû à une bactérie aérobie unique. De plus, les infections à bactéries anaérobies sont souvent compliquées de nécrose profonde des tissus. La mortalité globale des sepsis intra-abdominaux graves et des pneumonies à germes anaérobies mixtes est élevée. Les bactériémies à B. fragilis ont une mortalité élevée, en particulier chez les personnes âgées et en cas de cancer.

Symptomatologie

Le patient présente habituellement de la fièvre, des frissons et un état pathologique grave; le choc est généralement absent. Une CIVD peut survenir en cas de sepsis à Fusobacterium.

Pour les infections spécifiques (et les symptômes) causées par des microrganismes anaérobies mixtes, voir ailleurs dans Le Manuel et le tableau Troubles souvent provoqués par des microrganismes anaérobies mixtes*.

Les anaérobies sont rares dans les infections urinaires, les arthrites septiques et les endocardites infectieuses.

Tableau
icon

Troubles souvent provoqués par des microrganismes anaérobies mixtes*

Cellulite anaérobie

Infection des glandes de Bartholin

Sinusite chronique

Décubitus ou ulcère ischémique

Abcès dentaires

Infections des morsures humaines

Abcès hépatiques

Ostéomyélite mandibulaire

Stomatite ulcéronécrotique (mucosité ulcéronécrotique, cancrum oris, noma)

Abcès tubo-ovariens non gonococciques

Abcès paramétrial

Pelvipéritonite

Thrombophlébite septique

Infection de la glande de Skene

*Avec des aérobies ou d'autres anaérobies.

Diagnostic

  • Suspicion clinique

  • Coloration de Gram et culture

Les indices cliniques de la présence de microrganismes anaérobies comprennent les suivants

  • Infections adjacentes à une muqueuse colonisée par une flore anaérobie

  • Ischémie, tumeur, plaie pénétrante, corps étranger ou viscère perforé

  • Gangrène s'étendant à la peau, au tissu sous-cutané, au fascia et au muscle

  • Odeur nauséabonde du pus ou des tissus infectés

  • Formation d'abcès

  • Présence de gaz dans les tissus

  • Thrombophlébite septique

  • Absence de réponse aux antibiotiques qui n'ont pas d'activité anaérobie importante

Une infection à anaérobies doit être suspectée en cas de plaie malodorante ou lorsque la coloration de Gram du pus provenant d'un site infecté montre des bactéries mixtes pléomorphes alors que les cultures anaérobies ne montrent aucune croissance. Seuls les prélèvements issus de sites normalement stériles doivent être mis en culture en anaérobiose, car des germes anaérobies commensaux peuvent facilement être pris pour des microrganismes pathogènes.

Des colorations de Gram et des cultures en aérobiose seront pratiquées sur tous les prélèvements. Les cultures anaérobies, en particulier si elles sont mal gérées, peuvent être faussement négatives. L'antibiogramme des anaérobies est difficile et les données peuvent ne pas être disponibles avant 1 semaine après la mise en culture initiale. Cependant, si l'espèce est connue, les profils de sensibilité peuvent généralement être prédits. Aussi, de nombreux laboratoires ne testent pas systématiquement la sensibilité des microrganismes anaérobies.

Traitement

  • Drainage et débridement

  • Le choix des antibiotiques sera guidé selon le site des infections

Dans les infections établies, le pus est drainé, les corps étrangers et le tissu nécrosé doivent être retirés. Les perforations d'organes doivent être drainées ou suturées. Dès que possible, il faut rétablir la vascularisation. Les thrombophlébites septiques peuvent nécessiter la ligature de la veine ainsi qu'un traitement antibiotique.

Les résultats des cultures anaérobies pouvant ne pas être disponibles avant 3 à 5 jours, les antibiotiques sont démarrés empiriquement. L'antibiothérapie est parfois efficace, bien que certaines espèces bactériennes impliquées dans une infection mixte soient résistantes à l'antibiotique (p. ex., en raison de la perte du soutien métabolique par d'autres espèces bactériennes ou du fait de l'environnement anaérobie nécrotique), en particulier si on réalise une mise à plat chirurgicale et un drainage adéquats. Les antibiotiques sont choisis en fonction du site de l'infection et des microrganismes probables.

Infections oropharyngées à anaérobies et abcès pulmonaires

Les infections oropharyngées anaérobies peuvent être résistantes à la pénicilline et nécessitent un antibiotique efficace contre les souches d'anaérobies résistantes à la pénicilline (voir plus loin).

Les infections oropharyngées et les abcès pulmonaires doivent être traités par la clindamycine ou une association bêta-lactamine/inhibiteur de bêta-lactamase telle qu'amoxicilline/acide clavulanique. En cas d'allergie à la pénicilline, la clindamycine ou le métronidazole (plus un agent actif contre les aérobies et la microaérophiles) sont utiles.

Infections gastro-intestinales ou anaérobies pelviennes féminines

Les infections à anaérobies gastro-intestinales ou pelviennes chez la femme sont susceptibles de contenir des bacilles à Gram négatif anaérobies obligatoires tels que B. fragilis ainsi que des bacilles à Gram négatif anaérobie facultatif tels qu'Escherichia coli; l'antibiothérapie doit être efficace contre eux deux. On observe une résistance des B. fragilis et d'autres bacilles anaérobies obligatoires à Gram négatif à la pénicilline et aux céphalosporines de 3e et 4e génération. Cependant, les médicaments suivants présentent une excellente activité in vitro contre B. fragilis et sont efficaces:

  • Métronidazole

  • Carbapénèmes (p. ex., imipénème/cilastatine, méropénème, ertapénème, doripénème)

  • Associations bêta-lactamines/bêta-lactamase (p. ex., pipéracilline/tazobactam, ampicilline/sulbactam, amoxicilline/clavulanate, ticarcilline/clavulanate)

  • Tigécycline

  • Moxifloxacine

Aucun antibiotique utilisé en monothérapie ne s'est montré supérieur. Les médicaments dont l'activité in vitro est un peu moins constante contre B. fragilis comprennent la clindamycine, le céfoxitine et le céfotétan. Tous, à l'exception de la clindamycine et du métronidazole, peuvent être utilisés en monothérapie, parce que ces médicaments ont également une bonne activité contre les bacilles anaérobies facultatifs à Gram négatif.

Le métronidazole est actif contre B. fragilis, résistant à la clindamycine, il a une activité bactéricide exceptionnelle contre les anaérobies et évite habituellement la colite pseudo-membraneuse associée à la clindamycine. Les préoccupations concernant le potentiel mutagène du métronidazole n'ont pas eu de conséquences cliniques.

Puisque de nombreux protocoles actuellement utilisés pour traiter les infections à germes anaérobies digestives ou pelviennes féminines (voir aussi Traitement des maladies pelviennes inflammatoires) sont également efficaces contre les bacilles facultatifs à Gram négatif, l'utilisation d'un aminoside potentiellement néphrotoxique (pour couvrir les bacilles entériques facultatifs à Gram négatif), en plus d'un antibiotique actif contre B. fragilis, n'est plus justifiée.

Prévention

Avant une chirurgie colorectale programmée, le patient doit subir une préparation intestinale qui consiste en

  • Cathartiques

  • Lavements

  • Antibiotiques

La plupart des chirurgiens donnent à la fois des antibiotiques par voie orale et parentérale. En chirurgie d'urgence colorectale, des antibiotiques parentéraux sont utilisés seuls. Des exemples de traitements par voie orale sont la néomycine (ou la kanamycine) plus l'érythromycine ou le métronidazole; ces médicaments sont administrés au maximum 18 à 24 h avant la procédure. Le céfotétan, la céfoxitine, la céfazoline plus métronidazole et l'ertapénème sont des exemples de protocoles parentéraux pré-opératoires; ces médicaments sont administrés dans l'heure précédant l'intervention. Les antibiotiques pré-opératoires par voie parentérale contrôlent la bactériémie, réduisent les complications suppurées secondaires ou métastatiques, préviennent la diffusion locale de l'infection autour du site chirurgical.

Lors de procédures longues, des antibiotiques peuvent être administrés en peropératoire toutes les 1 à 2 demi-vies de l'antibiotique. En règle générale, les antibiotiques post-opératoires ne sont pas poursuivis plus de 24 h après la chirurgie.

En cas d'allergie confirmée ou d'effets indésirables dus aux bêta-lactamines, l'un des protocoles suivants est recommandé:

  • Clindamycine plus gentamicine, aztréonam ou ciprofloxacine

  • Métronidazole plus gentamicine ou ciprofloxacine

Points clés

  • Les infections anaérobies mixtes se produisent lorsque la relation commensale normale au sein de la flore normale des muqueuses (p. ex., la peau, la bouche, le tube digestif, le vagin) est perturbé (p. ex., par la chirurgie, une blessure, une ischémie ou une nécrose des tissus).

  • Les infections tendent à se manifester par des prélèvements localisés de pus ou d'abcès.

  • Baser la suspicion clinique sur le contexte clinique et la présence de gangrène, de pus, d'abcès, de gaz dans les tissus et/ou d'odeur nauséabonde.

  • Drainer et débrider la zone infectée et administrer des antibiotiques sélectionnés en fonction de l'emplacement de l'infection (et des donc microrganismes probables).

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