L'hypophyse contrôle les fonctions des glandes endocrines périphériques (voir figure L'hypophyse et ses organes cibles). La structure et la fonction hypophysaires ainsi que les rapports entre l'hypothalamus et l'hypophyse sont traitées dans Revue générale du système endocrinien.
Les troubles hypophysaires spécifiques comprennent
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Excès d'hormones hypophysaires, y compris gigantisme, acromégalie, galactorrhée, syndrome de sécrétion inappropriée d'ADH, et la maladie de Cushing