Les champignons sont des organismes eucaryotes qui existent sous forme de levures, de moisissures ou sous les deux formes (champignons dimorphes). Les levures sont constituées de cellules solitaires qui se reproduisent par bourgeonnement. Les moisissures se présentent sous forme de filaments, également connus sous le nom d'hyphes, qui s'étendent par allongement apical. Les champignons dimorphiques se développent sous forme de moisissures dans l'environnement et sous forme de cellules de levure ou de sphérules (cellules ressemblant à des sacs qui sont la forme reproductrice du champignon) in vivo.
Les infections mycosiques sont souvent classées comme:
Primitives
Opportunistes
Des infections primitives peuvent se développer chez des hôtes immunocompétents.
Les infections opportunistes sont celles qui se développent principalement chez les sujets immunodéprimés.
Les infections fongiques peuvent être:
Local
Systémiques
Les infections mycosiques locales concernent habituellement la peau (voir Infections mycosiques cutanées), la muqueuse buccale (causant une stomatite) et/ou le vagin (causant une vaginite à Candida) et peuvent survenir chez des patients immunocompétents ou immunodéprimés.
Les infections fongiques systémiques peuvent affecter les organes tels que les poumons, les yeux, le foie et le cerveau et se produisent généralement chez les hôtes immunodéprimés (voir Infections mycosiques opportunistes).
Infections mycosiques primitives
Les infections mycosiques primitives résultent habituellement d'une inhalation de spores mycosiques, ce qui peut entraîner une pneumonie localisée comme une manifestation primitive de l'infection.
Chez les patients immunocompétents, les mycoses systémiques ont habituellement une évolution chronique; la dissémination est rare. Si des lésions pulmonaires se développent (p. ex., aspergillome), elles progressent généralement lentement. Ainsi, des mois peuvent s'écouler avant qu'un avis médical ne soit demandé ou qu'un diagnostic ne soit posé. Les symptômes sont rarement intenses dans ces mycoses chroniques, mais de la fièvre, des frissons, des sueurs nocturnes, une anorexie, une perte de poids, un malaise et une dépression peuvent se produire. Divers organes peuvent être infectés, entraînant des symptômes et un dysfonctionnement.
Certaines infections mycosiques primitives peuvent avoir une répartition géographique spécifique, ce qui est particulièrement vrai pour les mycoses endémiques dues à certains champignons dimorphes:
Coccidioïdomycose: limitée principalement au sud-ouest des États-Unis ainsi qu'au nord du Mexique et à certaines parties de l'Amérique centrale et du Sud
Histoplasmose: observée essentiellement dans l'Est et le Centre Ouest des États-Unis (principalement dans les vallées de l'Ohio et du Mississippi) et des parties d'Amérique centrale et du Sud, d'Afrique, d'Asie et d'Australie
Blastomycose: confinée à l'Amérique du Nord (nord-ouest du Midwest, nord de l'État de New York), au Moyen-Orient et à l'Afrique
Paracoccidioïdomycose: limitée à l'Amérique du Sud
Cryptococcose: distribution mondiale
Cependant, la latence de la transmission à l'infection est variable et les symptômes peuvent ne pas apparaître avant que les voyageurs ne soient revenus des régions d'endémie.
Lorsque des champignons se propagent à partir d'un site primaire dans les poumons, les manifestations peuvent être les caractéristiques suivantes:
Coccidioïdomycose: infections ostéoarticulaires, lésions de la peau, et méningite
Histoplasmose (progressive, disséminée) : atteinte généralisée du système réticuloendothélial (foie, rate, moelle osseuse)
Blastomycose: lésions cutanées uniques ou multiples ou atteinte du système nerveux central, des os ou de la prostate
Cryptococcose: habituellement, méningite chronique
Infections mycosiques opportunistes
Beaucoup de champignons microscopiques sont opportunistes et ne sont habituellement pas pathogènes sauf chez le patient immunodéprimé. Les causes de déficit immunitaire comprennent l'infection avancée par le VIH, le diabète sucré, le lymphome, la leucémie, d'autres hémopathies malignes, les brûlures et les traitements par glucocorticoïdes, les immunosuppresseurs ou les antimétabolites. Les patients gravement malades peuvent avoir un déficit immunitaire du fait de procédures médicales (p. ex., cathéters veineux centraux, chirurgie majeure), de troubles sous-jacents et/ou de dénutrition.
Des exemples d'infections fongiques systémiques opportunistes (mycoses) comprennent :
Infections à Pneumocystis
Aspergillose (qui peut également survenir chez les patients immunocompétents, p. ex., aspergillose bronchopulmonaire allergique)
Fusariose
Les mycoses systémiques qui touchent les patients très immunodéprimés se manifestent souvent de manière aiguë avec une pneumonie rapidement évolutive, une fongémie ou des signes de dissémination extra-pulmonaire.
Diagnostic des infections mycosiques
Cultures et colorations (p. ex., de crachats par expectoration ou lavage bronchoalvéolaire, ou d'échantillons biopsiques par ponction transthoracique ou chirurgie)
Histopathologie
Tests sérologiques (principalement pour Aspergillus, Blastomyces, Candida, Coccidioides, Cryptococcus, et Histoplasma)
Diagnostic moléculaire
Techniques protéomiques
Si les médecins suspectent une infection mycosique primitive aiguë ou chronique, ils doivent obtenir des antécédents détaillés sur les voyages et les habitations afin de déterminer si les patients ont pu être exposés à certaines mycoses endémiques, même si l'exposition a eu lieu plusieurs années auparavant.
Les infections pulmonaires fongiques doivent être différenciées des tumeurs et des lésions pulmonaires chroniques causées par des microorganismes non fongiques tels que les mycobactéries (dont Mycobacterium tuberculosis). Par conséquent, des prélèvements doivent être effectués pour mise en culture de champignons et de mycobactéries et pour l'histopathologie. Les prélèvements d'expectoration peuvent être suffisants, mais parfois un lavage bronchoalvéolaire, une biopsie transthoracique à l'aiguille ou même une intervention chirurgicale peuvent être nécessaires pour obtenir un prélèvement acceptable.
Les champignons responsables d'infections systémiques primitives peuvent être reconnus par leur aspect histopathologique. L'identification du champignon spécifique peut cependant être difficile et nécessite habituellement une culture fongique de confirmation ou le diagnostic moléculaire.
La signification clinique des cultures d'expectorations positives peut ne pas être claire si elles révèlent des micro-organismes commensaux (p. ex., Candida albicans) ou des champignons ubiquitaires de l'environnement (p. ex., espèces Aspergillus). Par conséquent, l'établissement d'un diagnostic nécessite souvent une corrélation clinique et des preuves corroborantes (p. ex., facteurs liés à l'hôte tels que l'immunosuppression, preuves sérologiques, invasion tissulaire observée à la biopsie ou résultats radiologiques).
Les tests sérologiques permettent d'évaluer de nombreuses mycoses systémiques si la culture et l'histopathologie ne sont pas disponibles ou sont indéterminées, bien que peu d'entre eux fournissent des diagnostics définitifs. En particulier, les examens suivants sont utiles:
Antigènes spécifiques du microrganisme, notamment provenant de Cryptococcus neoformans, Histoplasma capsulatum, et d'Aspergillus spp (une réactivité croisée occasionnelle avec d'autres champignons a été observée avec chacun de ces tests sérologiques)
Le (1,3)bêta-D-glucane sérique, souvent positif dans la candidose et l'aspergillose invasives ainsi que dans les infections à Pneumocystis jirovecii
Tests de fixation du complément et d'immunodiffusion pour les mycoses endémiques (histoplasmose, blastomycose, coccidioïdomycose)
La plupart des autres tests pour les anticorps antifongiques ont une sensibilité et/ou une spécificité faibles. Ces tests ne sont généralement pas utilisés pour orienter le traitement initial, car la mesure des titres en phase aiguë et en phase de convalescence est nécessaire.
Les diagnostics moléculaires sont des outils utiles pour identifier les composants moléculaires de certaines infections fongiques. Des sondes ADN destinés à des prélèvements de culture pour identifier Histoplasma, Blastomyces, et Coccidioides et une Polymerase Chain Reaction (PCR) ou des tests d'hybridation de l'ADN destinés à des hémocultures pour identifier Candida sont disponibles. Le séquençage de nouvelle génération de l'ADN microbien acellulaire est une technologie émergente de détection d'un large éventail de pathogènes fongiques et microbiens dans le sang.
Les techniques protéomiques telles que la spectrométrie de masse par désorption-ionisation laser assistée par matrice–temps de vol (MALDI-TOF) permettent une identification rapide et précise des pathogènes fongiques (levures et moisissures) à partir d'échantillons cliniques. L'utilisation principale du MALDI-TOF est l'identification au niveau de l'espèce après croissance fongique en culture, ce qui réduit considérablement le délai d'exécution par rapport aux méthodes phénotypiques ou biochimiques conventionnelles. La spectrométrie de masse MALDI-TOF est considérée comme un complément standard aux méthodes conventionnelles dans les laboratoires de mycologie clinique, ce qui permet d'initier plus rapidement une thérapie antifongique ciblée.
