Les infections cérébrales peuvent se manifestent comme suit:
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Infection diffuse, entraînant une encéphalite, affectant parfois des zones spécifiques sur le cerveau
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Inflammation du cerveau secondaire à des infections méningées ou à des infections paraméningées
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Infections focales (p. ex., dues à un abcès cérébral ou à des infections fongiques ou parasitaires du cerveau telles qu'une neurocysticercose)
L'encéphalite est le plus souvent due à des virus, tels que l'herpès simplex, l'herpès zoster, le cytomégalovirus ou le virus West Nile (virus du Nil occidental). L'infection par le VIH et les maladies à prions peuvent également affecter le cerveau de manière diffuse.
Les infections, telles que la leucoencéphalopathie multifocale progressive, (provoquées par le virus JC) ou la panencéphalite subaiguë sclérosante, (provoquée par les virus de la rougeole), sont caractérisées par une longue période d'incubation et une évolution prolongée.
Certains troubles non infectieux peuvent simuler une encéphalite. Un exemple est l'encéphalite à Ac anti-NMDA (N-méthyl-d-aspartate), qui correspond à une attaque auto-immune des protéines membranaires neuronales.
Une atteinte cérébrale multifocale peut aussi être une manifestation d'une encéphalomyélite disséminée diffuse aiguë (syndrome post-infectieux).