Aérobie obligatoire

Cocci à Gram négatif

Moraxella catarrhalis, Neisseria gonorrhoeae, N. meningitidis*

Bacilles à Gram positif

Corynebacterium jeikeium

Bacilles acido-résistants

Mycobacterium avium complex, M. kansasii, M. leprae, M. tuberculosis, Nocardia spp

Bactéries non fermentaires, non-Enterobacterales (précédemment nommées enterobacteriaceae)

Acinetobacter calcoaceticus, Elizabethkingia meningoseptica (anciennement Flavobacterium meningosepticum), Pseudomonas aeruginosa,* P. alcaligenes, autres Pseudomonas spp, Stenotrophomonas maltophilia

Coccobacilles et bacilles exigeants, Gram négatif

Brucella, Bordetella, Francisella, et Legionella spp

Leptospiraceae (bactéries spiralées)

Leptospira spp

Anaérobie obligatoire

Bacilles Gram négatifs

Bacteroides fragilis, ou autres Bacteroides spp, Fusobacterium spp, Prevotella spp

Cocci à Gram négatif

Veillonella spp

Cocci Gram positifs

Peptococcus niger, Peptostreptococcus spp

Bacilles Gram positifs non sporulants

Actinomyces, Bifidobacterium, Eubacterium, et Cutibacterium (auparavant Propionibacterium) spp

Bacilles Gram positifs sporulants

Clostridium botulinum, C. perfringens, C. tetani, autres Clostridium spp

Anaérobies facultatifs

Cocci à Gram positif,

Staphylococcus aureus catalases-positifs (coagulases positifs), S. epidermidis (coagulase négatifs), autres staphylocoques coagulases négatifs

Cocci à Gram positif, catalases-négatifs

Enterococcus faecalis, E. faecium, Streptococcus agalactiae (streptocoque du groupe B), S. bovis, S. pneumoniae, S. pyogenes (streptocoques du groupe A), streptocoques du groupe viridans (S. mutans, S. mitis, S. salivarius, S. sanguis), S. anginosus groupe (S. anginosus, S. milleri, S. constellatus), Gemella morbillorum

Bacilles à Gram positif

Bacillus anthracis, Erysipelothrix rhusiopathiae, Gardnerella vaginalis (Gram variable)

Bacilles Gram négatifs

Enterobacterales (Citrobacter spp, Enterobacter spp, Escherichia coli, Klebsiella spp, Morganella morganii, Proteus spp, Plesiomonas shigelloides, Providencia rettgeri, Salmonella typhi, autres Salmonella spp, Serratia marcescens, Shigella spp, Yersinia enterocolitica, Y. pestis)

Fermentaires, non Enterobacterales

Aeromonas hydrophila, Chromobacterium violaceum, Pasteurella multocida

Coccobacilles et bacilles exigeants, Gram négatif

Aggregatibacter (anciennement Actinobacillus) actinomycetemcomitans, Eikenella corrodens, Haemophilus influenzae, autres Haemophilus spp

Mycoplasmes

Mycoplasma pneumoniae

Microaérophiles

Bacilles incurvés

Campylobacter jejuni, Helicobacter pylori, Vibrio cholerae, V. vulnificus

Spirochaetaceae (bactéries spiralées)

Borrelia burgdorferi, Treponema pallidum

Parasite intracellulaire obligatoire

Chlamydiaceae

Chlamydia trachomatis, Chlamydophila pneumoniae, C. psittaci

Coxiellaceae

Coxiella burnetii

Rickettsies

Rickettsia prowazekii, R. rickettsii, R. typhi, Orientia tsutsugamushi, Ehrlichia chaffeensis, Anaplasma phagocytophilum