Les bactéries sont des microrganismes qui ont un ADN double brin circulaire et (à l'exception des mycoplasmes) des parois cellulaires. La plupart des bactéries sont extracellulaires, mais certaines résident et se répliquent préférentiellement en intracellulaire. Les agents pathogènes intracellulaires obligatoires sont capables de se développer, de se reproduire et de provoquer une maladie uniquement dans les cellules de l'hôte. Des exemples de ces agents pathogènes comprennent les Chlamydiae, Chlamydophila spp et les rickettsies. Les pathogènes intracellulaires facultatifs peuvent vivre et se reproduire à l'intérieur ou à l'extérieur des cellules hôtes. Des exemples de ces agents pathogènes comprennent Salmonella typhi, Brucella spp, Francisella tularensis, Neisseria gonorrhoeae, N. meningitidis, Legionella et Listeria spp, et Mycobacterium tuberculosis.
De nombreuses bactéries sont présentes chez l'homme dans le microbiote normal, souvent en grand nombre et dans de nombreuses zones (p. ex., dans le tractus gastro-intestinal et la peau). Seules quelques espèces bactériennes sont pathogènes pour l'homme.
Les bactéries sont classées selon les critères suivants (voir aussi tableau Classification des bactéries pathogènes connues):
Morphologie
Coloration
Encapsulation
Besoins en oxygène
Morphologie
Les bactéries peuvent être
Cylindriques (bacilles)
Sphériques (coques)
Spirales (spirochètes)
Quelques espèces de cocci, de nombreux bacilles et la plupart des spirochètes sont mobiles.
Coloration
La coloration de Gram est la plus utilisée pour l'identification générale des bactéries. Les bactéries à Gram positif captent le colorant cristal violet (d'aspect bleu foncé) après fixation à l'iode, décoloration à l'alcool et contre-coloration à la safranine; les bactéries à Gram négatif, qui ne captent pas le cristal violet, apparaissent de couleur rouge. Les bactéries à Gram négatif ont une membrane extérieure supplémentaire contenant des lipopolysaccharides (endotoxine) qui augmentent la virulence de ces bactéries. (Concernant les autres facteurs qui favorisent la pathogénicité bactérienne, voir Facteurs favorisant l'envahissement microbien.)
La coloration de Ziehl-Neelsen et de Kinyoun (acido-résistante) est utilisée pour détecter les mycobactéries, en particulier M. tuberculosis. Elles peuvent également identifier les bacilles Gram positifs Nocardia et les protozoaires Cryptosporidies, Cyclospora, et Cystoisospora. La carbolfuchsine est appliquée, suivie d'une décoloration à l'acide chlorhydrique et à l'éthanol et une contre-coloration au bleu de méthylène.
Les colorations par fluorochrome (p. ex., auramine-rhodamine) identifient également les microrganismes acido-résistants, mais un microscope spécial à fluorescence est nécessaire.
Encapsulation
Certaines bactéries sont enfermées dans des capsules; pour certaines bactéries encapsulées (p. ex., Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae), la capsule les protège en cas d'ingestion par les phagocytes. L'encapsulation augmente la virulence bactérienne.
Besoins en oxygène
Les bactéries aérobies (aérobies obligatoires) nécessitent de l'oxygène pour produire de l'énergie et garantir leur croissance. Elles produisent de l'énergie par respiration cellulaire aérobie.
Les bactéries anaérobies (anaérobies strictes) ne nécessitent pas d'oxygène et ne poussent pas en culture, en présence d'air. Elles produisent de l'énergie par fermentation ou par respiration anaérobie. Les bactéries anaérobies sont fréquentes dans le tractus gastro-intestinal, le vagin, les crevasses dentaires et les plaies chroniques en cas d'insuffisance circulatoire.
Les bactéries facultatives peuvent se développer en présence ou sans oxygène. Elles produisent de l'énergie par fermentation ou par respiration anaérobie en l'absence d'oxygène et par respiration cellulaire aérobie en présence d'oxygène. Les bactéries microaérophiles préfèrent un taux réduit d'oxygène (p. ex., 2 à 10%).
Les Chlamydia sont des parasites intracellulaires obligatoires qui reçoivent leur énergie de la cellule hôte et ne la produisent pas elles-mêmes.
