Les bactéries sont des microrganismes qui ont un ADN double brin circulaire et (à l'exception des mycoplasmes) des parois cellulaires. La plupart des bactéries sont extracellulaires. Certaines bactéries (p. ex., Salmonella typhi; Neisseria gonorrhoeae; Legionella, Mycobacteria, Rickettsia, Chlamydia, et Chlamydophila spp) résident et se répliquent préférentiellement en intracellulaire. Certaines bactéries telles que les Chlamydiae, Chlamydophila spp, et les rickettsies sont obligatoirement intracellulaires (c'est-à-dire, qu'elles ne peuvent croître, se reproduire et induire des maladies qu'à l'intérieur des cellules de l'hôte). D'autres (p. ex., Salmonella typhi, Brucella sp, Francisella tularensis, N. gonorrhoeae, Neisseria meningitidis, Legionella et Listeria spp, Mycobacterium tuberculosis) sont des pathogènes intracellulaires facultatifs.
De nombreuses bactéries sont présentes chez l'homme dans la flore normale, souvent en grand nombre et dans de nombreuses zones (p. ex., dans le tractus gastro-intestinal). Seules quelques espèces bactériennes sont pathogènes pour l'homme.
Les bactéries sont classées selon les critères suivants (voir aussi tableau Classification des bactéries pathogènes connues)
Morphologie
Coloration
La coloration de Gram est la plus utilisée pour l'identification générale des bactéries. Les bactéries à Gram positif captent le colorant cristal violet (d'aspect bleu foncé) après fixation à l'iode, décoloration à l'alcool et contre-coloration à la safranine; les bactéries à Gram négatif, qui ne captent pas le cristal violet, apparaissent de couleur rouge. Les bactéries à Gram négatif ont une membrane extérieure supplémentaire contenant des lipopolysaccharides (endotoxine) qui augmentent la virulence de ces bactéries. (Concernant les autres facteurs qui favorisent la pathogénicité bactérienne, voir Facteurs favorisant l'envahissement microbien.)
La coloration de Ziehl-Neelsen et de Kinyoun (acido-résistante) est utilisée pour détecter les mycobactéries, en particulier M. tuberculosis. Elles peuvent également identifier les bacilles Gram positifs Nocardia et les protozoaires Cryptosporidies, Cyclospora, et Cystoisospora. La carbolfuchsine est appliquée, suivie d'une décoloration à l'acide chlorhydrique et à l'éthanol et une contre-coloration au bleu de méthylène.
Les colorations par fluorochrome (p. ex., auramine-rhodamine) identifient également les microrganismes acido-résistants, mais un microscope spécial à fluorescence est nécessaire.
Encapsulation
Certaines bactéries sont enfermées dans des capsules; pour certaines bactéries encapsulées (p. ex., Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae), la capsule les protège en cas d'ingestion par les phagocytes. L'encapsulation augmente la virulence bactérienne.
Besoins en oxygène
Les bactéries aérobies (aérobies obligatoires) nécessitent de l'oxygène pour produire de l'énergie et garantir leur croissance. Elles produisent de l'énergie par respiration cellulaire aérobie.
Les bactéries anaérobies (anaérobies strictes) ne nécessitent pas d'oxygène et ne poussent pas en culture, en présence d'air. Elles produisent de l'énergie par fermentation ou par respiration anaérobie. Les bactéries anaérobies sont fréquentes dans le tractus gastro-intestinal, le vagin, les crevasses dentaires et les plaies chroniques en cas d'insuffisance circulatoire.
Les bactéries facultatives peuvent se développer en présence ou sans oxygène. Elles produisent de l'énergie par fermentation ou par respiration anaérobie en l'absence d'oxygène et par respiration cellulaire aérobie en présence d'oxygène. Les bactéries microaérophiles préfèrent un taux réduit d'oxygène (p. ex., 2 à 10%).
Les Chlamydia sont des parasites intracellulaires obligatoires qui reçoivent leur énergie de la cellule hôte et ne la produisent pas elles-mêmes.
Classification des bactéries pathogènes connues
Type |
Bactéries |
Aérobie obligatoire |
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Cocci à Gram négatif |
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Bacilles à Gram positif |
Corynebacterium jeikeium |
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Bacilles acido-résistants |
Mycobacterium avium complex, M. kansasii, M. leprae, M. tuberculosis, Nocardia spp |
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Bactéries non fermentaires, non enterobacteriaceae |
Acinetobacter calcoaceticus, Elizabethkingia meningoseptica (précédemment Flavobacterium meningosepticum), Pseudomonas aeruginosa, P. alcaligenes, autre Pseudomonas spp, Stenotrophomonas maltophilia |
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Coccobacilles et bacilles exigeants, Gram négatif |
Brucella, Bordetella, Francisella, et Legionella spp |
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Leptospiraceae (bactéries spiralées) |
Leptospira spp |
Anaérobie obligatoire |
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Bacteroides fragilis, ou autres Bacteroides spp, Fusobacterium spp, Prevotella spp |
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Cocci à Gram négatif |
Veillonella spp |
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Cocci Gram positifs |
Peptococcus niger, Peptostreptococcus spp |
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Bacilles Gram positifs non sporulants |
Actinomyces, Bifidobacterium, Eubacterium, et Cutibacterium (auparavant Propionibacterium) spp |
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Bacilles Gram positifs sporulants |
Clostridium botulinum, C. perfringens, C. tetani, autres Clostridium spp |
Anaérobies facultatifs |
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Cocci à Gram positif, |
Staphylococcus aureus catalases-positifs (coagulases positifs), S. epidermidis (coagulase négatifs), autres staphylocoques coagulases négatifs |
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Cocci à Gram positif, catalases-négatifs |
Enterococcus faecalis, E. faecium, Streptococcus agalactiae (streptocoque du groupe B), S. bovis, S. pneumoniae, S. pyogenes (streptocoques du groupe A), streptocoques du groupe viridans (S. mutans, S. mitis, S. salivarius, S. sanguis), S. anginosus groupe (S. anginosus, S. milleri, S. constellatus), Gemella morbillorum |
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Bacilles à Gram positif |
Bacillus anthracis, Erysipelothrix rhusiopathiae, Gardnerella vaginalis (Gram variable) |
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Enterobacteriaceae (Citrobacter spp, Enterobacter spp, Escherichia coli, Klebsiella spp, Morganella morganii, Proteus spp, Plesiomonas shigelloides, Providencia rettgeri, Salmonella typhi, ainsi que Salmonella spp, Serratia marcescens, Shigella spp, Yersinia enterocolitica, Y. pestis) |
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Fermentaires, non enterobacteriaceae |
Aeromonas hydrophila, Chromobacterium violaceum, Pasteurella multocida |
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Coccobacilles et bacilles exigeants, Gram négatif |
Actinobacillus actinomycetemcomitans, Bartonella bacilliformis, B. henselae, B. quintana, Eikenella corrodens, Haemophilus influenzae, ainsi que Haemophilus spp |
Microaérophiles |
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Bacilles incurvés |
Campylobacter jejuni, Helicobacter pylori, Vibrio cholerae, V. vulnificus |
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Spirochaetaceae (bactéries spiralées) |
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Parasite intracellulaire obligatoire |
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Chlamydiaceae |
Chlamydia trachomatis, Chlamydophila pneumoniae, C. psittaci |
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Coxiellaceae |
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Rickettsia prowazekii, R. rickettsii, R. typhi, Orientia tsutsugamushi, Ehrlichia chaffeensis, Anaplasma phagocytophilum |
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