Les bactéries sont des microrganismes qui ont un ADN double brin circulaire et (à l'exception des mycoplasmes) des parois cellulaires. La plupart des bactéries sont extracellulaires. Certaines bactéries (p. ex., Salmonella typhi; Neisseria gonorrhoeae; Legionella, Mycobacterium, Rickettsia, Chlamydia, et Chlamydophila spp) résident et se répliquent préférentiellement en intracellulaire. Certaines bactéries telles que les Chlamydiae, Chlamydophila sp, et les rickettsies sont obligatoirement intracellulaires (c'est-à-dire, qu'elles ne peuvent croître, se reproduire et induire des maladies qu'à l'intérieur des cellules de l'hôte). D'autres (p. ex., Salmonella typhi, Brucella sp, Francisella tularensis, N. gonorrhoeae, N. meningitidis, Legionella et Listeria spp, Mycobacterium tuberculosis) sont des pathogènes intracellulaires facultatifs.
De nombreuses bactéries sont présentes chez l'homme dans la flore normale, souvent en grand nombre et dans de nombreuses zones (p. ex., dans le tractus gastro-intestinal). Seules quelques espèces bactériennes sont pathogènes pour l'homme.
Les bactéries sont classées selon les critères suivants (voir tableau Classification des bactéries pathogènes connues).
Morphologie
Coloration
La coloration de Gram est la plus utilisée pour l'identification générale des bactéries. Les bactéries à Gram positif captent le colorant cristal violet (d'aspect bleu foncé) après fixation à l'iode, décoloration à l'alcool et contre-coloration à la safranine; les bactéries à Gram négatif, qui ne captent pas le cristal violet, apparaissent de couleur rouge. Les bactéries à Gram négatif ont une membrane extérieure supplémentaire contenant des lipopolysaccharides (endotoxine) qui augmentent la virulence de ces bactéries. (Concernant les autres facteurs qui favorisent la pathogénicité bactérienne, voir Facteurs favorisant l'envahissement microbien.)
La coloration de Ziehl-Neelsen et de Kinyoun (acido-résistante) est utilisée pour détecter les mycobactéries, en particulier M. tuberculosis. Elles peuvent également identifier Nocardia sp et Cryptosporidia spp. La carbolfuchsine est appliquée, suivie d'une décoloration à l'acide chlorhydrique et à l'éthanol et une contre-coloration au bleu de méthylène.
Les colorations par fluorochrome (p. ex., auramine-rhodamine) identifient également les microrganismes acido-résistants, mais un microscope spécial à fluorescence est nécessaire.
Encapsulation
Besoins en oxygène
Les bactéries aérobies (aérobies obligatoires) nécessitent de l'oxygène pour produire de l'énergie et garantir leur croissance. Elles produisent de l'énergie par respiration cellulaire aérobie.
Les bactéries anaérobies (anaérobies strictes) ne nécessitent pas d'oxygène et ne poussent pas en culture, en présence d'air. Elles produisent de l'énergie par fermentation ou par respiration anaérobie. Les bactéries anaérobies sont fréquentes dans le tractus gastro-intestinal, le vagin, les crevasses dentaires et les plaies chroniques en cas d'insuffisance circulatoire.
Les bactéries facultatives peuvent se développer en présence ou sans oxygène. Elles produisent de l'énergie par fermentation ou par respiration anaérobie en l'absence d'oxygène et par respiration cellulaire aérobie en présence d'oxygène. Les bactéries microaérophiles préfèrent un taux réduit d'oxygène (p. ex., 2 à 10%).
Les Chlamydia sont des parasites intracellulaires obligatoires qui reçoivent leur énergie de la cellule hôte et ne la produisent pas elles-mêmes.
Classification des bactéries pathogènes connues
Type |
Bactéries |
Aérobie obligatoire |
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Cocci à Gram négatif |
Moraxella catarrhalis, Neisseria gonorrhoeae, N. meningitidis |
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Bacilles à Gram positif |
Corynebacterium jeikeium |
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Bacilles acido-résistants |
Mycobacterium avium complex, M. kansasii, M. leprae, M. tuberculosis, Nocardia sp |
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Bactéries non fermentaires, non enterobacteriaceae |
Acinetobacter calcoaceticus, Elizabethkingia meningoseptica (précédemment Flavobacterium meningosepticum), Pseudomonas aeruginosa, P. alcaligenes, autre Pseudomonas sp, Stenotrophomonas maltophilia |
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Coccobacilles et bacilles exigeants, Gram négatif |
Brucella, Bordetella, Francisella, et Legionella spp |
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Leptospiraceae (bactéries spiralées) |
Leptospira sp |
Anaérobie obligatoire |
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Bacilles Gram négatifs |
Bacteroides fragilis, ou autres Bacteroides sp, Fusobacterium sp, Prevotella sp |
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Cocci à Gram négatif |
Veillonella sp |
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Cocci Gram positifs |
Peptococcus niger, Peptostreptococcus sp |
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Bacilles Gram positifs non sporulants |
Actinomyces, Bifidobacterium, Eubacterium, et Propionibacterium spp |
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Bacilles Gram positifs sporulants |
Clostridium botulinum, C. perfringens, C. tetani, autres Clostridium sp |
Anaérobies facultatifs |
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Cocci à Gram positif, |
Staphylococcus aureus catalases-positifs (coagulases positifs), S. epidermidis (coagulase négatifs), autres staphylocoques coagulases négatifs |
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Cocci à Gram positif, catalases-négatifs |
Enterococcus faecalis, E. faecium, Streptococcus agalactiae (streptocoque du groupe B), S. bovis, S. pneumoniae, S. pyogenes (streptocoque du groupe A), streptocoques du groupe viridans (S. mutans, S. mitis, S. salivarius, S. sanguis), groupe S. anginosus (S. anginosus, S. milleri, S. constellatus), Gemella morbillorum |
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Bacilles à Gram positif |
Bacillus anthracis, Erysipelothrix rhusiopathiae, Gardnerella vaginalis (Gram variable) |
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Bacilles Gram négatifs |
Enterobacteriaceae (Citrobacter sp, Enterobacter sp, Escherichia coli, Klebsiella sp, Morganella morganii, Proteus sp, Plesiomonas shigelloides, Providencia rettgeri, Salmonella typhi, ainsi que Salmonella sp, Serratia marcescens, Shigella sp, Yersinia enterocolitica, Y. pestis) |
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Fermentaires, non enterobacteriaceae |
Aeromonas hydrophila, Chromobacterium violaceum, Pasteurella multocida |
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Coccobacilles et bacilles exigeants, Gram négatif |
Actinobacillus actinomycetemcomitans, Bartonella bacilliformis, B. henselae, B. quintana, Eikenella corrodens, Haemophilus influenzae, ainsi que Haemophilus sp |
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Mycoplasmes |
Mycoplasma pneumoniae |
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Spirochaetaceae (bactéries spiralées) |
Borrelia burgdorferi, Treponema pallidum |
Microaérophiles |
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Bacilles incurvés |
Campylobacter jejuni, Helicobacter pylori, Vibrio cholerae, V. vulnificus |
Parasite intracellulaire obligatoire |
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Chlamydiaceae |
Chlamydia trachomatis, Chlamydophila pneumoniae, C. psittaci |
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Coxiellaceae |
Coxiella burnetii |
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Rickettsies |
Rickettsia prowazekii, R. rickettsii, R. typhi, Orientia tsutsugamushi, Ehrlichia chaffeensis, Anaplasma phagocytophilum |
