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Le système immunitaire distingue le soi du non soi et élimine de l'organisme les molécules et cellules potentiellement dangereuses du non soi. Le système immunitaire a également la capacité de reconnaître et détruire des cellules anormales qui proviennent des tissus de l'hôte. Toute molécule en mesure d'être reconnue par le système immunitaire est considérée comme un antigène.
Les troubles allergiques (dont les troubles atopiques) et les autres troubles d'hypersensibilité sont des réactions immunitaires inappropriées ou excessives aux antigènes étrangers. Les réactions inappropriées du système immunitaire comprennent celles dirigées contre des composantes intrinsèques de l'organisme (le soi), et entraînent des troubles auto-immuns. Ce sujet se concentre sur les réactions d'hypersensibilité de type I.
Les troubles d'immunodéficience sont associés à ou prédisposent les patients à diverses complications, dont les infections, les maladies auto-immunes et les lymphomes et autres cancers. Les déficits immunitaires primitifs sont déterminés génétiquement et peuvent être héréditaires; les déficits immunitaires secondaires sont acquis et beaucoup plus fréquents.