Todos los receptores de aloinjertos tienen riesgo de rechazo del injerto; el sistema inmunitario del receptor reconoce el injerto como extraño y trata de destruirlo. Los receptores de injertos que contienen células inmunitarias (sobre todo de médula ósea, intestino, hígado) corren el riesgo de desarrollar enfermedad de injerto contra huésped, en el que las células inmunitarias del donante atacan el tejido receptor. El riesgo de estas complicaciones se reduce al mínimo mediante el cribado pretrasplante y la terapia inmunosupresora durante y después del trasplante.

En los Estados Unidos, se ha implementado un nuevo sistema de asignación de órganos para hígados y otros órganos. Bajo el sistema, los candidatos a trasplante reciben un órgano basado en la urgencia médica y la distancia entre el hospital donante y los hospitales de trasplante. Este sistema reemplaza el sistema anterior, que se basaba principalmente en los límites geográficos de las áreas de servicio de donación y las regiones de trasplante. En la actualidad, los hígados y otros órganos de todos los donantes adultos fallecidos se ofrecen primero a los candidatos para trasplantes compatibles que tienen la necesidad más urgente (estados 1A y 1B) y se encuentran en listados en los hospitales de trasplantes dentro de 926 km del hospital donante. Después de que se hacen las adjudicaciones a los candidatos más urgentes, los órganos se adjudican a los candidatos en los hospitales que se encuentren dentro de las distancias de 278, 463 y 926 km (150, 250, y 500 millas náuticas) del hospital donante. En relación con la adjudicación de los riñones, el tiempo de espera sigue siendo un problema, y, en general, todos los órganos se asignan primero a los candidatos pediátricos.

Antes de asumir los riesgos y los gastos de un trasplante de órganos y de comprometer la escasa cantidad de órganos donantes, los equipos médicos deben realizar una búsqueda de los factores médicos y no médicos en los potenciales receptores que pueden afectar la probabilidad de éxito del procedimiento. Los donantes se someten a pruebas de cribado médicas, psicológicas y de laboratorio, que incluyen pruebas para evaluar el riesgo de infección.

Los inmunosupresores controlan el rechazo del injerto y son los principales responsables del éxito del trasplante (véase tabla Inmunosupresores utilizados para tratar el rechazo del trasplante ). Sin embargo, suprimen todas las respuestas inmunitarias y contribuyen al desarrollo de muchas complicaciones postrasplante, como el desarrollo de cáncer, la aceleración de la evolución de la enfermedad cardiovascular e incluso la muerte debida a infección abrumadora.

Las complicaciones incluyen las siguientes:

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