Les examens biologiques permettent d'identifier les microrganismes de façon directe (p. ex., examen macroscopique, microscopique, mises en culture) ou indirectement (p. ex., par recherche d'Ac spécifiques d'un microrganisme). Les principaux types de tests comprennent les suivants
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Tests immunologiques (tests d'agglutination comme l'agglutination au latex, les dosages immunoenzymatiques, Western Blot, techniques de précipitation et réactions de fixation du complément)
La culture est généralement l'examen de référence pour l'identification des microrganismes, mais les résultats peuvent nécessiter plusieurs jours ou semaines pour revenir et les microrganismes pathogènes ne poussent pas toujours en culture, d'où l'intérêt des autres examens. Lorsqu'un germe pathogène est cultivé et identifié, le laboratoire peut également tester sa sensibilitéaux agents antimicrobiens. Parfois, des méthodes moléculaires peuvent être utilisées pour détecter des gènes de résistance spécifiques.
Certains tests (p. ex., coloration de Gram, culture aérobie standard) permettent de détecter une grande variété de microrganismes pathogènes et sont réalisés de façon systématique en cas de suspicion de pathologie infectieuse. Cependant, certains agents pathogènes n'étant pas identifiés par ces tests, les médecins doivent être conscients des limites de ces tests pour chaque bactérie suspectée. Dans de tels cas, il faut demander des tests spécifiques de l'agent pathogène suspecté (p. ex., colorations ou milieux de culture spéciaux) ou informer le laboratoire du ou des microrganismes suspectés afin qu'ils puissent choisir des tests plus spécifiques. (Voir le tableau Tests diagnostiques pour des agents pathogènes courants.)
Tests diagnostiques pour des agents pathogènes courants
Microorganisme |
Microscopie |
Culture |
Test d'amplification des acides nucléiques |
Détection de l'antigène |
Détection d'anticorps |
Bactéries |
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Erysipelothrix spp |
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Rhodococcus equus |
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X |
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Mycobactérie |
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Tuberculose et ulcères |
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Organismes intracellulaires |
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Mycoses |
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Virus |
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Virus BK |
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Hépatite A, B, C, D et E |
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virus JC |
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Virus LaCrosse |
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Virus de l'encéphalite de St. Louis |
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Virus de l'encéphalite à tiques |
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Virus West Nile (virus du Nil occidental) |
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Protozoaires et parasites |
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Nématodes intestinaux |
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Adapté d'après Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ: Mandell, Douglas, and Bennett's Principles and Practice of Infectious Diseases, 9th Edition. Elsevier, 2020. |
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